农业设施用地建厂房是否算违建，这主要取决于建设行为是否符合相关法律法规和规划要求。以下是对此问题的详细分析：
合法情形：
- 符合设施农业用地规定：若厂房是作为农业生产必要的配套设施（如农产品加工、仓储保鲜等直接服务于农业产业链延伸的必要设施），并依法办理了设施农业用地备案等手续，且未超出规定的用地规模和建设标准，则不属于违建。
- 办理农用地转建设用地审批：若农业设施用地已依法转为建设用地，并完成了相关审批手续，那么在该土地上建造的厂房是合法的，不构成违建。
- 符合乡村规划：在某些情况下，即使是在农业设施用地上建房，如果建设行为符合当地乡村规划，并获得了相关部门的许可，也不构成违建。但这种情况较为特殊，且需要严格符合乡村规划的具体要求。
违法情形：
- 擅自改变土地用途：若厂房并非用于农业生产配套设施，而是改为非农业用途（如工业生产、商业经营等），则属于擅自改变土地用途，构成违建。
- 未办理相关审批手续：即使建房旨在服务农业生产，但若未按规定办理设施农业用地备案或其他必要审批手续，也可能被认定为违建。
- 超出规定面积和标准：即使办理了相关手续，若建设的厂房超出了规定的用地规模和建设标准，超出部分仍可能被认定为违建。
- 违反土地使用规划：将农业设施用地上的厂房用于与农业生产无关的目的，或建造非农业设施，均违反了土地使用规划，视为违建。
法律背景与建议：
- 法律背景：根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，农业设施用地是专为农业生产设立的特殊用地类型，不得擅自改变用途。若需将农业设施用地转为建设用地或用于非农业建设，必须依法办理审批手续，并符合相关规划和标准。
- 建议：
- 在使用农业设施用地建厂房前，务必咨询当地自然资源和规划部门或农业农村部门，了解具体的政策和要求。
- 确保建设行为符合当地土地利用总体规划和城乡规划要求，避免违法违规建设。
- 如需办理农用地转建设用地审批手续，应提前准备相关材料并按照规定程序进行申请。
可能后果：
- 若未经批准擅自将农业设施用地用于建设厂房，可能面临拆除和处罚的风险。处罚措施可能包括罚款、没收违法所得、责令恢复原状等。
- 违法违规建设还可能影响个人或企业的信用记录，对未来的融资、招投标等活动产生不利影响。
总结：
农业设施用地建厂房是否算违建，关键在于是否依法办理了相关审批手续，以及厂房的实际用途是否符合农业生产需要和土地使用规划。为避免法律风险，建议在使用农业设施用地建厂房前务必咨询相关部门并确保建设行为合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。