当劳动者的月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资的三倍时，其经济补偿金的计算确实会受到特殊规定的限制。以下是对这一问题的详细解答：
一、法律依据
这一规定主要依据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条，该条款明确了对高工资劳动者经济补偿金的计算方式，旨在平衡用人单位与劳动者之间的利益，确保经济补偿金的合理性和公平性。
二、经济补偿金的计算基数
月工资定义：这里的“月工资”指的是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。这是计算经济补偿金的基础。
上限设定：如果劳动者的月工资高于用人单位所在地区上年度职工月平均工资的三倍，那么经济补偿金的计算将按照职工月平均工资的三倍来执行。例如，若某地区上年度职工月平均工资为5000元，则三倍即为15000元，这将成为计算经济补偿金的月工资上限。
三、经济补偿金的支付年限
最高年限限制：对于工资高于社平工资三倍的劳动者，经济补偿金的支付年限最高不超过十二年。这是为了防止用人单位因高工资劳动者而承担过重的经济负担。
具体计算方式：经济补偿金按照劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。但无论工作年限多长，总的经济补偿年限都不得超过十二年。
四、具体计算公式
经济补偿金的具体计算公式为：当地上年度职工月平均工资×3×补偿年限（不超过12年）。以某地区上年度职工月平均工资的三倍为15000元为例，如果劳动者在用人单位工作了15年，但由于最高年限限制，其应得的经济补偿金为15000×12=180000元。
五、注意事项
不影响其他权益：这一特殊规定仅适用于经济补偿金的计算，并不影响劳动者其他合法权益的享有，如社会保险、福利待遇等。
准确确定数据：在实际计算过程中，劳动者和用人单位需要准确确定当地上年度职工月平均工资，并据此计算经济补偿金。这要求双方都要对相关数据有清晰的了解。
争议解决途径：如果劳动者对经济补偿金的计算有异议，可以通过协商、仲裁或诉讼等合法途径解决争议。这为劳动者提供了维护自身权益的有效手段。
综上所述，对于工资高于社平工资三倍的劳动者，其经济补偿金的计算受到严格的法律规定限制，包括计算基数和支付年限的双重限制。这是为了保障劳动者的合法权益，同时避免用人单位承担过重的经济负担。希望这一解答能够帮助您更好地理解这一问题。