员工请假扣工资是否合法，需根据请假的类型、公司规章制度以及相关法律法规来综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、事假扣工资
合法性：员工因个人原因请事假时，公司通常有权按照其规章制度扣工资。这是基于双方劳动合同的约定以及公司内部规章制度的规定，但前提是这些规章制度的制定程序合法，内容合理，且已明确告知员工。
扣款计算：事假扣款一般按照“月工资÷21.75×请假天数”来计算（21.75为劳动法规定的月计薪天数），即按照请假的时长和日工资标准来扣除相应工资。例如，如果员工的月工资是5000元，那么日工资就是5000÷21.75≈229.89元。如果员工请了2天事假，那么公司可以扣除的工资就是229.89×2=459.78元。
注意事项：公司扣除的工资数额不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。如果公司违反这些规定，员工有权要求公司返还多扣除的工资，并可能获得相应的经济补偿。
二、病假扣工资
合法性：员工因病需要休息或治疗时，公司应遵照相关法律法规的规定，为其核算并发放相应的病假工资或疾病救济费。这部分金额可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。
扣款计算：病假工资的计算方式通常为（计算基数÷21.75）×计算系数×病假天数，然后从总工资中扣除（但实际操作中，通常是直接计算并发放病假工资，而非从总工资中扣除）。具体计算系数可能因地区和政策而异。例如，在某些地区，病假工资的计算系数可能是根据员工的工龄和病假时长来确定的。
特殊情况：如果员工在病假期间，公司仍然按照正常出勤支付了全额工资，那么这部分工资就不应再被扣除。但如果公司按照病假工资标准支付了工资，且该标准不低于最低工资标准的80%，那么这种支付方式就是合法的。
三、特殊假期扣工资
对于婚假、产假、陪产假、丧假以及年假等特殊假期，这些假期是法律赋予劳动者的合法权益，公司应按照正常出勤支付工资，不得扣除任何工资。如果公司违反这些规定，员工有权要求公司返还被扣除的工资，并可能获得相应的经济补偿。
四、公司规章制度的影响
合法性要求：如果公司依法制定了包含考勤及工资扣除等内容的规章制度，并且该制度已经过民主程序制定、向劳动者公示或告知，那么在劳动者请假的情况下，公司可以按照制度规定扣除相应天数的工资。但同样，扣除的工资数额不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
不合理规章制度的后果：如果公司的规章制度违反了相关法律法规或劳动合同约定，那么这些规章制度就是无效的。在这种情况下，公司不得依据这些无效的规章制度来扣除员工的工资。
五、员工维权途径
如果员工认为公司扣工资的行为不合法，可以先与公司协商解决；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在维权过程中，员工应提供充分的证据来支持自己的主张，如请假条、工资条、公司规章制度等。
总结来说，员工请假扣工资是否合法取决于请假的类型、公司规章制度以及相关法律法规的规定。员工在请假前应了解相关政策和规定，以确保自己的权益不受侵害。若权益受损，应及时通过合法途径维护自己的权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。