公司与公司之间的借款，在遵守相关法律法规、确保借款合同依法订立、借款用途合法且不存在无效情形的前提下，是合法的。以下是对这一问题的详细分析：
合法性基础与条件
合法性基础：
- 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，民间借贷包括法人之间、非法人组织之间以及它们相互之间为生产、经营需要订立的民间借贷合同。因此，公司之间的借款属于民间借贷的范畴，受到法律保护。
合法条件：
- 借款合同依法订立：借款合同必须体现双方真实意思，且无违反法律、行政法规强制性规定的情形。合同应明确约定借款金额、期限、利率、还款方式等关键条款，以确保借贷关系的明确性和合法性。
- 借款用途合法：借款应专用于公司的生产、经营活动，如支付原材料采购款、维持正常生产等。不得用于非法或违规目的，如赌博、走私等违法活动。
- 不存在无效情形：借款合同需避免《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第十三条所列举的无效情形，如套取金融机构贷款转贷、以向其他营利法人借贷或向本单位职工集资等方式取得的资金转贷等。
税务处理与注意事项
税务处理：
- 依据《中华人民共和国税收征收管理法》，企业与其关联企业之间的业务往来应遵循独立交易原则。若借贷双方存在关联关系，税务机关有权核定其利息收入并缴纳相应的营业税和企业所得税。因此，在关联企业间借贷时，需特别注意税务处理，确保合规性。
注意事项：
- 利率约定：虽然法律法规未对公司间借贷利率作出明确限制，但应参照民间借贷的相关规定，避免过高利率可能引发的法律风险。过高的利率可能被认定为高利贷，从而受到法律制裁。一般来说，借贷利率不得超过合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍。
- 内部决策程序：公司对外借款需遵循《中华人民共和国公司法》及公司章程的规定，通常需由董事会或股东会、股东大会进行决议，以确保决策的合法性和合规性。未经合法程序擅自对外借款，可能因违反公司章程而存在效力瑕疵。
不合法或存在风险的情况
- 违反法律法规强制性规定：如将借款用于非法活动，借款合同将被认定无效。此外，若借贷行为本身违反法律法规的强制性或禁止性规定，如套取金融机构贷款转贷等，也将导致合同无效。
- 非法金融活动：未经金融监管部门批准，企业以借贷名义向社会公众发放贷款的行为可能涉嫌非法经营等违法犯罪活动。这种行为不仅违法，而且可能给企业带来严重的法律后果。
- 损害股东或债权人利益：公司管理层未经股东会同意，擅自将公司资金借给关联企业，可能损害公司股东和债权人的利益，引发法律纠纷。因此，在进行公司间借贷时，需确保决策程序的合法性和合规性，避免损害他人利益。
实践建议
- 签订书面合同：借贷双方应签订书面的借款合同，明确约定借款金额、期限、利率、还款方式等关键条款。书面合同有助于确保借贷关系的明确性和合法性，减少纠纷的发生。
- 咨询专业意见：在进行公司间借贷前，建议咨询专业律师或财务顾问的意见，确保合规性。他们可以提供专业的法律建议和财务规划，帮助企业规避潜在的法律风险。
- 保留借款凭证：妥善保管借款凭证和财务记录，以备税务审计或法律诉讼之需。这些凭证和记录是证明借贷关系合法性和合规性的重要证据。
综上所述，公司与公司之间的借款在符合相关法律法规、借款合同有效且利率合理、税务处理合规以及内部决策程序合法的前提下是合法的。借贷双方应谨慎操作，确保所有环节的合规性，以避免潜在的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。