在处理员工医疗期满后被公司辞退的赔偿问题时，我们首先要明确的是，这涉及到合法解除与违法解除劳动合同两种不同情形，每种情形下的赔偿标准是不同的。

一、合法解除劳动合同的情形及赔偿

如果员工在医疗期满后，确实无法从事原工作，也无法从事由公司另行安排的工作，那么公司有权在提前三十日以书面形式通知员工，或者额外支付一个月工资作为代通知金后，解除劳动合同。在此情形下，公司需要按照以下标准支付经济补偿：

• 经济补偿的计算：经济补偿是按照员工在本公司工作的年限来计算的，每满一年支付一个月工资。如果工作六个月以上但不满一年，按一年计算；不满六个月的，则支付半个月工资作为经济补偿。
• 月工资的定义：这里的月工资指的是员工在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。如果员工的月工资高于当地上年度职工月平均工资的三倍，那么经济补偿的标准将按照职工月平均工资的三倍来支付，且支付年限最高不超过十二年。

举例：假设员工在公司工作了3年，月平均工资为5000元，且其月工资未超过当地上年度职工月平均工资的三倍。那么，在合法解除劳动合同的情况下，公司应支付的经济补偿为3个月工资，即3×5000=15000元。

二、违法解除劳动合同的情形及赔偿

如果公司未遵循法定程序，如未提前通知或未支付代通知金就直接辞退员工，或者员工实际上能够胜任新工作却被辞退，那么这种辞退行为将被视为违法解除劳动合同。在此情形下，公司需要按照经济补偿标准的两倍向员工支付赔偿金。

• 赔偿金的计算：赔偿金是经济补偿标准的两倍，即按照员工在本公司工作的年限，每满一年支付两个月工资。同样，六个月以上不满一年的按一年计算，不满六个月的支付一个月工资的两倍作为赔偿金。

举例：沿用上面的例子，如果公司违法解除劳动合同，那么应支付的赔偿金为经济补偿的两倍，即15000×2=30000元。

三、实际操作建议

1. 明确辞退性质：在处理此类纠纷时，首先要判断公司的辞退行为是否合法，这是确定赔偿标准的关键。
2. 计算具体金额：根据辞退的性质和员工的工作年限、月工资等因素，准确计算应支付的经济补偿或赔偿金。
3. 咨询专业律师：鉴于劳动法律关系的复杂性，建议在处理此类问题时咨询专业律师，以确保自己的权益得到充分保护。
4. 维权途径：如果涉及劳动争议，员工可以通过与用人单位协商、向当地劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或向法院提起诉讼等途径来维护自己的合法权益。

综上所述，处理员工医疗期满后被公司辞退的赔偿问题，需要严格区分合法与违法解除劳动合同的情形，并依据相关法律法规准确计算经济补偿或赔偿金。希望这些信息能对您有所帮助。