关于高铁站停车超过三分钟是否会罚款的问题，这主要取决于具体的停车区域和管理规定。以下是对此问题的详细解答：
一、合规停车情况
在高铁站，有些区域是专门设置并明确标识限停3分钟的，这些区域通常是为了方便旅客快速上下车。如果您的车辆停放在这些区域内，并且严格遵守了3分钟的时间限制，完成上下乘客等必要操作后及时驶离，那么是不会被罚款的。
二、违规停车及处罚
超出规定时间停车：
- 如果您在限停3分钟的区域内停车时间超过了3分钟，那么根据高铁站的管理规定和执法力度，您可能会面临罚款。罚款金额因地区而异，通常可能在100元到200元不等，部分地方还可能会根据违法停车行为进行扣分处理，如扣3分等。
在禁止停车区域停车：
- 即使您的停车时间未超过3分钟，但如果车辆停在了高铁站明确禁止停车的区域（这些区域通常有明显的标识牌提示），您也将被罚款。此类行为属于较为严重的交通违法行为，罚款金额一般较高，可能在200元左右，并可能伴随扣分处罚。
执法人员现场处理：
- 如果司机在现场，执法人员会首先指出其违法行为，并给予口头警告，责令其立即驶离。若司机拒绝立即驶离，则将依据相关法律法规处以罚款。
- 如果司机不在现场，同样会依据法律法规处以罚款，实际执行中，罚款金额会根据具体情况裁定。
其他处罚措施：
- 除罚款外，执法部门还有权将违规停放的机动车拖移至不妨碍交通的地点或公安机关交通管理部门指定的地点停放，且拖车过程不得向当事人收取费用。
三、建议与应对措施
提前了解规定：
- 在前往高铁站停车前，建议您提前了解停车场的规定和收费标准，特别是关于限停时间和禁停区域的信息。
合理规划停车时间：
- 根据您的行程安排，合理规划停车时间，避免超时停车带来的额外费用和法律风险。
及时沟通处理：
- 如果您对停车超时处罚有异议，或者收到了罚单但不确定如何处理，建议您及时联系停车场管理方或当地交通管理部门进行咨询和处理。
综上所述，高铁站停车超过三分钟是否会罚款，取决于您停车的区域和管理规定。为了确保您的权益不受损害，建议您严格遵守高铁站的停车规定，合理规划停车时间，并在必要时及时与相关部门沟通处理。