确实存在公司以严重违反公司规章制度开除员工，但最终被判赔偿的案例。这类案例通常涉及公司规章制度的合法性、合理性以及员工行为的严重性等多个方面的法律考量。以下从几个角度为你详细分析：

1. 公司规章制度的合法性与合理性

• 合法性：公司规章制度必须符合国家法律法规的规定，不能与法律相抵触。如果规章制度中的某些条款违反了法律强制性规定，那么这些条款将被视为无效，公司不能依据这些无效条款来开除员工。例如，规章制度中规定“员工迟到一次即开除”，这样的条款显然过于严苛，且可能违反劳动法中关于解雇的法定条件，因此可能被认定为无效。
• 合理性：即使规章制度在形式上合法，但如果其内容过于严苛或不合理，也可能被法院认定为无效。合理性通常考虑的是规章制度是否符合社会公德、行业惯例以及公司实际情况等因素。例如，规章制度中规定“员工在工作期间不得上厕所超过两次”，这样的条款显然缺乏合理性，可能被法院不予认可。

2. 员工行为的严重性

• 严重违反：公司要开除员工，必须证明员工的行为构成了“严重违反”公司规章制度。这通常要求员工的行为不仅违反了规章制度，而且这种违反行为必须达到一定的严重程度，足以影响公司的正常运营或损害公司的利益。例如，员工多次旷工、严重失职或泄露公司商业秘密等行为，可能被视为严重违反规章制度。
• 证据充分：公司还需要提供充分的证据来证明员工的行为确实构成了严重违反规章制度。这包括但不限于监控录像、书面记录、证人证言等。如果公司无法提供充分的证据，那么其开除员工的决定可能被法院认定为违法。

3. 案例分析

• 案例一：某公司以员工多次迟到为由开除员工，但规章制度中并未明确规定迟到多少次构成严重违反。法院在审理时认为，公司未能提供充分证据证明员工的行为达到了严重违反的程度，且规章制度中的相关条款缺乏明确性和合理性，因此判决公司支付赔偿金。
• 案例二：另一家公司以员工泄露公司商业秘密为由开除员工，并提供了监控录像和证人证言等证据。法院在审理时认为，员工的行为确实构成了严重违反公司规章制度，且公司提供的证据充分，因此支持了公司的开除决定，但在此案例中，若公司未按照法定程序进行解雇（如未提前通知工会等），也可能面临赔偿风险，不过这属于解雇程序违法范畴，与规章制度本身合法性略有不同。不过，也存在因公司未能在规章制度中明确商业秘密保护的具体措施和违规后果，而被法院认为解雇依据不充分的案例，最终公司被判赔偿。

4. 法律建议

• 完善规章制度：公司应确保规章制度的合法性和合理性，明确各项违规行为的定义和处罚措施，并经过民主程序制定和公示。
• 依法解雇：公司在解雇员工时，应确保员工的行为确实构成了严重违反规章制度，并提供充分的证据支持。同时，公司还应遵循法定的解雇程序，如提前通知工会、出具书面解雇通知等。
• 寻求法律帮助：如果公司或员工在解雇问题上存在争议，建议及时寻求专业律师的法律帮助，以维护自身的合法权益。

希望以上分析能对你有所帮助。如果你有更具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。