已归档的案件处理通常涉及多个方面，具体处理方式会根据案件的性质、类型以及相关法律法规的规定而有所不同。以下是对已归档案件处理方式的详细解答：

一、违纪行为所获利益的处理

对于违纪行为所获得的利益，主要分为经济利益和其他利益两种情况进行处理：

1. 经济利益：

   • 应当收缴或者责令退赔。收缴通常针对的是实施违纪违法行为所获得的财物及其孳息收益。
   • 责令退赔则通常针对的是违反规定挥霍浪费国有资产，如公款吃喝、公款旅游以及违反规定乱罚款、乱收费获得的财物等。责令被审查调查人将违纪违法所得的财物予以归还，财物已经被消耗、毁损的，应当用与之价值相当的财物予以赔偿。
   • 责令退赔的财物直接退赔原所有人或原持有人，无法退赔的上缴国库。

2. 其他利益：

   • 对于违纪行为所获得的职务、职级、职称、学历、学位、奖励、资格等其他利益，应当由承办案件的纪检机关或者由其上级纪检机关建议有关组织、部门、单位按照规定予以纠正。

二、自然资源违法行为等案件的结案与归档

对于自然资源违法行为等案件，结案和归档是处理已归档案件的重要环节：

1. 结案条件：

   • 案件已经移送管辖的、终止调查的、决定不予行政处罚的、行政处罚决定执行完毕的、行政处罚决定终结执行的、已经依法申请人民法院或者人民政府强制执行的等情形，均可以结案。
   • 涉及需要移送有关部门追究刑事责任、党纪政务责任的，结案前应当已经依法移送。

2. 结案程序：

   • 符合结案条件的，承办人员应当填写《结案呈批表》，报自然资源主管部门负责人批准后结案。
   • 《结案呈批表》应当载明案由、立案时间、立案编号、调查时间、当事人、主要违法事实、执行情况、相关建议等内容。

3. 归档要求：

   • 承办人员应当将办案过程中形成的全部材料，及时整理装订成卷，并按照规定归档。
   • 卷宗内的归档材料应当包括封面、目录、案件来源材料、各种通知书、呈批表、证据材料、调查报告、审理记录、法制审核意见、处理决定、法律文书送达回证等。
   • 所有归档的材料应当合法、完整、真实、准确，文字清楚，日期完备，并保证归档材料之间的有机联系。

三、已归档案件的后续处理

对于已归档的案件，如果后续发现新的证据或情况，或者需要配合其他部门进行强制执行、刑事责任、党纪政务责任追究等工作，相关部门应当予以积极配合，并根据新的情况或要求对案件进行相应处理。

综上所述，已归档案件的处理方式取决于案件的性质和类型。对于违纪行为所获利益，应依法进行收缴、责令退赔或纠正其他利益；对于自然资源违法行为等案件，应按照规定的结案条件和程序进行结案，并将办案材料及时整理归档。同时，对于已归档的案件，如果后续有新的情况或要求，相关部门应予以积极配合和处理。