关于农业银行信用卡透支逾期利息及违约金的计算，这是一个涉及具体银行规定和法律法规的问题，以下我将为您详细解析：

一、逾期利息的计算

1. 利率标准： 农业银行信用卡逾期利息的日利率为万分之五，即0.05%。这一利率是固定的，并且通常高于正常的贷款利率，以体现对逾期还款行为的风险补偿。

2. 计息方式： 逾期利息从消费入账日开始计算，而不是从逾期日开始。利息按月计收复利，这意味着每个月的利息会加入到本金中，作为下一个月计算利息的基础。具体的计算公式为：利息 = 消费金额 × 0.05% × 消费入账日到实际还款日期数。

3. 实例说明： 假设您在某月1日消费了2000元，账单日为每月10日，还款日为每月25日。如果您在该月25日未能按时还款，而是在下个月的10日才还清，那么逾期利息就是2000元乘以0.05%再乘以逾期天数（从消费入账日到实际还款日，假设为41天），即41元。

二、违约金的计算

1. 政策背景： 自2017年1月1日起，中国人民银行取消了信用卡滞纳金，改为由发卡机构与持卡人通过协议约定是否收取违约金及其收取方式和标准。

2. 收费标准： 农业银行信用卡的违约金为最低还款额未还部分的5%，最低收取标准为1元人民币（或等值外币，如1美元、1欧元等）。

3. 计算公式： 违约金 = (最低还款额 - 已还款金额) × 5%。

4. 实例说明： 如果您的本期账单最低还款额为500元，但您在最后还款日前只还款了200元，那么违约金就是(500元 - 200元)乘以5%，即15元。

三、注意事项

• 不同类型的农业银行信用卡在具体的收费标准上可能存在差异，因此请您务必关注所持信用卡的具体条款和条件。
• 银行可能会根据政策调整相关费用，建议您随时关注农业银行的官方公告或咨询客服，以了解最新的收费信息。
• 合理规划消费和还款计划是避免产生不必要逾期利息和费用的关键。请您确保按时足额还款，以维护良好的信用记录。

综上所述，农业银行信用卡透支逾期利息及违约金的计算方式是明确且具体的。作为持卡人，您应充分了解并遵守相关规定，以确保自身权益不受损害。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时联系农业银行的客服部门。