夫妻双方签署协议并按手印签字，在符合法定条件下是有效的。以下是对此问题的详细分析：
一、协议有效的核心条件
主体适格：
- 夫妻双方必须均具备完全民事行为能力，即能够独立进行民事活动并承担相应责任。这要求双方精神健全、理解能力强，且为成年人。例如，心智正常的成年夫妇自愿签订的财产分配协议，通常有效。
真实意思表示：
- 协议内容必须是夫妻双方真实意愿的表达，不存在欺诈、胁迫或重大误解等情形。若一方被强迫或在误导下签署，该协议可能无效。例如，如果一方以威胁另一方及其家人安全为手段迫使签订，则协议可能因意思表示不真实而无效。
内容合法性：
- 协议条款不得违反法律法规的强制性规定，也不得损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益。例如，逃避纳税义务或限制基本人身权利的条款均属无效。同时，协议内容也不得违背公序良俗，如剥夺探视权、限制基本人身权利等条款可能因违法或违背公序良俗而被认定无效。
形式合法性：
- 一般来说，夫妻双方签字按手印即视为对协议内容的确认，满足书面形式的要求。签字是协议有效性的关键要素，而按手印在一定程度上可以增强协议的真实性，但并不是必需的。不过，在特定情况下，如当事人不会写字或不便写字时，按手印可以作为有效的确认方式。此外，对于某些特定类型的协议（如不动产赠与），可能需要额外的法定形式或程序（如公证）才能生效。
二、特殊情况下的效力认定
涉及离婚、子女抚养权等问题的协议效力：
- 婚内协议中包含的离婚条件、子女抚养权归属等内容，其效力可能会受到限制。附离婚条件的财产分割和抚养权约定，在离婚诉讼中若双方协议离婚未成且一方反悔，法院可能会根据实际情况依法判决，而不直接依据婚内协议。同时，子女抚养权、探视权等条款应符合法律规定且有利于子女成长，否则可能被法院认定为无效。
存在欺诈、胁迫等情形的协议无效：
- 如果一方在签订协议时存在欺诈、胁迫等行为，导致另一方在违背真实意思的情况下签订了协议，那么受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销该协议。
显失公平的协议可撤销：
- 如果协议的内容明显不公平，严重损害了一方的合法权益，那么受损害方也可以在法定期限内请求撤销该协议。
三、法律依据
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百四十三条的规定，民事法律行为有效的条件包括行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实以及不违反法律、行政法规的强制性规定和不违背公序良俗。
- 《民法典》还规定，合同书形式的合同自双方当事人签字或盖章时成立。这里的签字或盖章包括签字、按手印等多种形式，为夫妻协议的法律效力提供了明确支撑。
四、建议
- 在签署任何协议之前，夫妻双方应充分了解协议的内容和法律后果，确保协议是双方真实意愿的表达。
- 如果对协议的有效性存在疑问或涉及复杂的法律问题，建议直接向我咨询，以确保协议的合法性、有效性和可执行性。
综上所述，夫妻双方签署协议并按手印签字在符合法定条件下是有效的，但具体效力还需根据协议内容、签署过程以及相关法律法规进行综合判断。