员工年假不休，公司不可以直接清零。这一结论主要基于《职工带薪年休假条例》及《企业职工带薪年休假实施办法》的相关规定，以下从不同角度进行详细分析：

一、年假的基本权利与安排

1. 年假权利：根据《职工带薪年休假条例》，职工享有带薪年休假的权利，年休假天数根据职工累计工作年限来确定，这是职工的基本休息权益，单位应予以保障。

2. 年假安排：单位应根据生产、工作的具体情况，并考虑职工本人意愿，统筹安排职工年休假。年休假在1个年度内可以集中安排，也可以分段安排，一般不跨年度安排。但单位因生产、工作特点确有必要跨年度安排职工年休假的，可以跨1个年度安排。

二、年假未休的处理方式

1. 单位原因未安排：如单位确因工作需要不能安排职工休年休假，或安排的年休假天数少于应休天数，经职工本人同意后，单位应按照该职工日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬（包含正常工作期间的工资收入）。这意味着，即使职工未能休假，其应得的休息权益也会通过经济补偿的形式得到体现，年假不会因此“清零”。

2. 职工主动放弃：在特殊情况下，如职工因本人原因书面提出不休年休假，用人单位可以只支付其正常工作期间的工资收入。此时，相当于职工主动放弃了年休假权利，可能会出现年假“清零”的结果。但这并非单位强制清零，而是基于职工个人选择的结果。

三、离职时年假的处理

1. 未休年假的折算与支付：根据《企业职工带薪年休假实施办法》，用人单位与职工解除或者终止劳动合同时，当年度未安排职工休满应休年休假天数的，应当按照职工当年已工作时间折算应休未休年休假天数并支付未休年休假工资报酬。折算方法为：（当年度在本单位已过日历天数÷365天）×职工本人全年应当享受的年休假天数－当年度已安排年休假天数。

2. 时效问题：若员工未休年假已超过一定期限（如两年）且一直未主张权利，公司以超过时效为由清零可能在司法实践中得到一定支持。但员工若能证明曾向公司主张过权利，时效可能中断并重新计算。不过，这一时效问题并不改变年假本身不应被直接清零的原则。

四、其他影响因素

1. 年假性质：法定年假（根据《职工带薪年休假条例》规定）不能随意清零；而福利年假（公司额外给予）的清零可能更多取决于公司规章制度和劳动合同约定。但即便如此，公司规章制度也不能违反法律法规的强制性规定。

2. 公司规章制度：若公司规章制度明确规定了年假使用期限和清零规则，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，则公司在执行这些规定时可能具有合法性。然而，在实际操作中，这样的规章制度往往难以得到劳动者的认可和司法机关的支持。

总结与建议

综上所述，员工年假不休，公司不可以直接清零。单位应依法合理安排职工的年休假，确保职工的休息权益得到保障。如因单位原因未能安排或未完全安排年休假，单位应依法对职工进行经济补偿。同时，职工也应了解自己的权益，积极与单位沟通，确保自己的年休假得到妥善安排和处理。若遇到公司违法清零年假的情况，职工可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁以维护自身合法权益。