员工犯错时，企业直接对其进行罚款在大多数情况下是不合法的，但也有一些特定情形下可能合法。下面我将详细解释这一问题的法律依据和实际操作中的注意事项。

一、不合法的一般情况

自2008年《企业职工奖惩条例》废止后，企业直接对劳动者进行罚款失去了直接的法律依据。根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》，用人单位不得无故克扣劳动者工资，而罚款属于克扣工资的一种形式。因此，在一般情况下，企业直接对员工进行罚款是不合法的。

二、可能合法的特殊情形

1. 劳动合同或规章制度的明确规定：

   • 如果用人单位在与劳动者签订的劳动合同中，或在依法制定的规章制度中明确规定了犯错情形的经济责任，并且这些约定或规定不违反法律法规的强制性规定，也不显失公平，那么当劳动者出现这些特定犯错情形时，用人单位可以要求劳动者承担相应的经济赔偿责任。
   • 但需要注意的是，规章制度的制定必须经过民主程序（如职工代表大会讨论通过）和公示程序（向全体劳动者公示或告知），否则可能被视为无效。

2. 劳动者给用人单位造成经济损失：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，如果劳动者本人原因给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。
   • 经济损失的赔偿可以从劳动者的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。

三、实际操作中的注意事项

1. 证据确凿：

   • 在要求员工赔偿损失或依据规章制度进行处理前，用人单位必须收集并保存确凿的证据，以证明员工的过错及其所造成的损失。

2. 合理限额与透明公正：

   • 即使员工存在过错，用人单位在处理时也应遵守法律规定，确保罚款或赔偿的金额合理，并且整个处理过程透明公正，避免滥用权力或侵犯员工权益。

3. 区分情况处理：

   • 对于轻微失误或未造成实质性损失的行为，用人单位应避免采取罚款等严厉措施，而应通过教育、培训等方式引导员工改正错误。
   • 对于严重过错或造成重大损失的行为，用人单位可以依法要求员工赔偿损失，并根据劳动合同和规章制度进行相应处理，如解除劳动合同等。

四、维权途径

如果劳动者认为用人单位的罚款或扣款行为不合法，首先可以尝试与用人单位协商解决；协商不成时，可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

综上所述，员工犯错时企业直接罚款在大多数情况下是不合法的，但在特定情形下如劳动合同或规章制度有明确规定且合法合理、员工给用人单位造成经济损失时，用人单位有权要求赔偿或从工资中合理扣除。在实际操作中，用人单位应严格遵守相关法律法规，确保处理过程的合法性和合理性。