公司对员工罚款的合法性确实是一个需要细致分析的问题，它并非一概而论地合法或不合法，而是要根据具体情况来判断。

一般情况下的不合法性

首先，从法律层面来看，自2008年《企业职工奖惩条例》废止后，我国法律并未再明确赋予用人单位对劳动者进行罚款的权力。这意味着，除非有特别的法律规定或合同约定，否则公司对员工罚款通常是不合法的。此外，根据《劳动合同法》的规定，公司在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，必须经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。如果公司未经此民主程序就制定包含罚款内容的规章制度，那么该规章制度是不合法的，依据其进行的罚款自然也是不合法的。

特殊情况下的合法性

然而，也存在一些特殊情况，使得公司对员工罚款可能合法。最典型的就是当员工因本人原因给用人单位造成经济损失时，根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位可以按照劳动合同的约定要求员工赔偿经济损失。在这种情况下，公司可以从员工的工资中扣除赔偿金额，但扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余的工资不得低于当地的月最低工资标准。这种扣除工资的行为是基于员工对单位造成的实际损失而承担的赔偿责任，与一般的罚款性质不同，且受到法律的明确限制和保护。

员工权益保护

对于员工来说，如果认为公司的罚款行为不合法，首先可以尝试与公司进行协商解决。如果协商不成，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在维权过程中，员工应保留好相关证据，如公司的罚款通知、工资条等，以便在需要时提供证明。

总结与建议

综上所述，公司对员工的罚款行为并非绝对合法或非法，而是需要根据具体情况来判断。在大多数情况下，由于法律未赋予公司罚款的权力，且公司规章制度的制定程序和内容需严格遵守法律规定，因此罚款行为往往被视为不合法。然而，在特定情况下（如员工因个人原因给公司造成经济损失），公司有权要求员工赔偿损失，并从其工资中合理扣除。

为了维护良好的劳动关系和避免不必要的法律纠纷，我建议公司应建立完善的规章制度，明确可罚款的情形、标准和程序，并确保这些规章制度不违反法律法规的强制性规定。同时，公司应加强与员工之间的沟通和交流，确保员工了解公司的规章制度和罚款政策。在行使罚款权利时，公司应充分考虑员工的实际情况和过错程度，避免过度处罚或滥用罚款权利。