结论：打卡公司和发工资公司不一样，并不一定违法，但需要分情况讨论。以下是对这一问题的详细分析：

一、合法情况分析

1. 关联企业或集团内部安排：

   • 如果打卡公司和发工资公司属于同一集团或关联企业，且这种安排是基于集团内部的管理或财务需要，同时确保了员工的合法权益（如按时足额支付工资、提供劳动保护等），那么这种安排通常是合法的。
   • 法律依据：虽然直接的法律条款可能并未明确提及此种情况，但根据《劳动法》和《劳动合同法》的基本原则，只要不违反法律法规的强制性规定，且保障了劳动者的合法权益，这种安排是可以被接受的。

2. 劳务派遣或外包关系：

   • 在劳务派遣或外包关系中，员工可能与一家公司（如劳务派遣公司或外包公司）签订劳动合同，但实际在另一家公司（如用工单位）工作。这种情况下，发工资的公司（劳务派遣公司或外包公司）与打卡的公司（用工单位）不一致是合法的。
   • 法律依据：根据《劳动合同法》第五十八条，劳务派遣单位是用人单位，应当履行用人单位对劳动者的义务，包括支付工资等。因此，发工资的责任在劳务派遣单位，而用工单位则负责提供劳动条件等。

二、违法情况分析

1. 故意规避法律责任：

   • 如果打卡公司和发工资公司不一致是为了故意规避法律责任，如逃避支付工资、社会保险等费用，或者通过这种安排来损害员工的合法权益，那么这种安排是违法的。
   • 法律依据：根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位必须按时足额支付劳动者的工资，并为其缴纳社会保险等费用。任何试图通过不正当手段规避这些法律责任的行为都是违法的。

2. 未告知员工或未取得员工同意：

   • 如果公司在未告知员工或未取得员工同意的情况下，擅自将发工资的责任转移给另一家公司，这种安排也可能构成违法。因为这可能侵犯了员工的知情权和选择权。
   • 法律依据：根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同的变更应当遵循平等自愿、协商一致的原则。如果公司未经员工同意就擅自变更发工资的公司，可能违反了这一原则。

三、应对建议

1. 核实公司关系：

   • 员工可以首先核实打卡公司和发工资公司之间的关系，了解它们是否属于同一集团、关联企业或存在劳务派遣、外包等关系。

2. 查看劳动合同和规章制度：

   • 员工应仔细查看自己的劳动合同和公司的规章制度，了解其中关于工资支付、劳动关系等方面的规定。

3. 与公司沟通协商：

   • 如果员工对打卡公司和发工资公司不一致的情况有疑问或担忧，可以与公司进行沟通协商，要求公司给出合理的解释和安排。

4. 寻求法律援助：

   • 如果员工认为公司的安排侵犯了自己的合法权益，可以寻求法律援助或向劳动监察部门投诉举报。

最后，打卡公司和发工资公司不一样并不一定违法，但需要分情况讨论。如果你对此有进一步的疑问或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。