针对您提出的“案件存疑怎么处理的”这一问题，我将从法律程序和纪检监察机关的处理方式两个方面进行详细解答。
首先，我们需要明确“案件存疑”在法律上的定义。这通常指的是“存疑不起诉”，也被称为证据不足不起诉。它发生在检察机关对案件进行审查后，认为尽管经过二次补充侦查（调查），但证据仍然不足，或者经审查发现存在非法取证行为，导致相关证据被排除后，其他证据不足以支持起诉条件，从而作出的不起诉决定。
从法律程序的角度来看：
存疑不起诉的决定：这是检察机关根据现有证据和法律规定，作出的终止诉讼的特别程序。它并不意味着被不起诉人完全无罪，而是基于当前证据状况，无法达到起诉的法定标准。
疑罪从无原则：在存疑不起诉的情况下，遵循的是疑罪从无原则，即无法证明有罪则视为无罪。这是现代法治社会的基本原则之一，旨在保护公民的合法权益，避免无辜者受到刑事追究。
从纪检监察机关的处理方式来看：
问题线索研判：对于存疑不起诉的案件，虽然不存在司法机关已认定的事实、性质和情节，但纪检监察机关并不会直接放弃调查。相反，他们会将这类案件视为一般问题线索，进行进一步的研判和处置。
风腐同查机制：在研判过程中，纪检监察机关可能会采用风腐同查的工作机制。这意味着他们不仅会关注案件本身的违法违纪行为，还会深入调查与案件相关的其他可能存在的违纪违法行为，如是否存在利益输送、权钱交易等。
精准认定处理：根据研判结果和事实证据情况，纪检监察机关会精准作出认定处理。如果确实存在违纪违法行为，即使无法构成犯罪，也会根据相关规定给予相应的党纪政务处分或其他处理措施。
举例说明：
以某局党组成员、副局长王某饮酒后驾驶机动车被查获的案件为例。尽管王某已承认饮酒后驾车，但因提取血样时使用了不符合规定的含醇类消毒液，导致血液检测鉴定证据被排除。检察院因此作出了不起诉决定。然而，纪检监察机关并没有因此放弃调查。他们按照风腐同查工作机制进行研判，核实王某驾车前就餐行为是否违规，并根据事实证据情况作出了相应的处理决定。
综上所述，对于案件存疑的情况，检察机关会作出存疑不起诉的决定，而纪检监察机关则会将其视为一般问题线索进行研判和处置，确保违纪违法行为得到应有的惩处。希望这一解答能够帮助您更好地理解案件存疑的处理方式。