在刑事诉讼过程中，当案件经历两次退侦后，其后续处理流程是一个严谨且多环节的过程，旨在确保案件处理的公正性、合法性和准确性。以下是对这一问题的详细解答：

一、退侦的法律依据与目的

首先，我们需要明确退侦的法律依据。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，人民检察院在审查公安机关或监察机关移送起诉的案件时，若发现案件存在事实不清、证据不足或其他需要补充侦查的情形，有权将案件退回原侦查机关进行补充调查或侦查。这一程序的目的在于确保案件事实清楚、证据确实充分，从而保障司法公正，防止冤假错案的发生。

二、两次退侦后的常见处理情形

经过两次补充侦查后，人民检察院将根据案件的具体情况，依法作出以下处理决定：

1. 提起公诉：

   • 适用情形：若公安机关在两次补充侦查过程中，补充了足够的证据，使得案件达到了事实清楚、证据确实充分的标准，人民检察院将依法提起公诉，将案件移送至人民法院进行审判。
   • 特别说明：即使案件中存在部分瑕疵证据，但只要这些瑕疵不影响定罪量刑的核心事实，人民检察院仍可提起公诉。

2. 不起诉决定：

   • 适用情形：若两次补充侦查后，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件，那么将依法作出不起诉的决定。
   • 法律后果：不起诉决定意味着犯罪嫌疑人将不再被追究刑事责任，案件就此终结。但需要注意的是，不起诉决定并不意味着犯罪嫌疑人就完全没有法律责任。如果未来有新的证据出现或原有证据得到进一步完善，人民检察院仍有可能重新提起公诉。
   • 救济途径：对于不起诉决定，被害人可以在7日内向上一级人民检察院申诉，以维护自己的合法权益。

三、检察机关的其他应对方案

除了提起公诉和不起诉决定外，人民检察院在两次退侦后还可能采取以下措施：

1. 建议撤案监督：

   • 适用情形：若人民检察院发现公安机关在侦查过程中存在违法取证等严重问题，可能影响案件的公正处理，那么可以向公安机关发出纠正违法通知书，并必要时启动立案监督程序。

2. 自行侦查：

   • 适用情形：在特定情况下，人民检察院也可能选择自行侦查，以进一步查明案件事实，补充完善证据。

四、法院与辩护权的协同作用

在案件处理过程中，法院和辩护权也发挥着重要作用：

1. 法院的协同处置：

   • 庭前审查把关：法院对人民检察院移送起诉的案件进行实质性审查，若发现证据存在重大缺陷，可建议人民检察院撤回起诉。
   • 庭审实质化审理：通过法庭调查、举证质证等环节，验证证据的合法性、关联性，对非法证据依法排除，对瑕疵证据要求补正说明。

2. 辩护权的保障：

   • 申请非法证据排除：犯罪嫌疑人或其辩护人可以在开庭前五日提出书面申请，提供涉嫌非法取证的线索或材料。
   • 参与补充侦查监督：通过阅卷了解退侦事项及进展，就侦查方向、取证方式提出法律意见。
   • 协商认罪认罚从宽：在证据体系相对完整的情况下，与人民检察院就量刑建议进行协商谈判。

五、退侦的意义与总结

案子退侦两次不仅体现了刑事诉讼中对证据审查和案件质量的严格要求，还通过补充侦查机制来完善证据体系、查明事实真相，从而确保案件的公正、合法处理。同时，这一程序也保障了犯罪嫌疑人的合法权益，避免了因证据不足或事实不清而导致的冤假错案。因此，当案件经历两次退侦后，人民检察院将根据案件情况依法作出处理决定，确保司法公正和案件质量。