总公司中标后，一般不可以直接用分公司与甲方签订合同，但在特定条件下可能具有合法性。以下是对此问题的详细分析：

一、一般情况下的不合规性

1. 招投标原则：招投标活动必须遵循公平、公正、公开的原则。分公司作为独立的投标主体参与投标，是基于其自身的资质、能力、业绩等条件进行竞争的。若中标后由总公司签订合同，实际履行主体发生变更，这不仅违背了招投标的基本规则，也损害了其他投标人的合法权益，破坏了市场竞争的公平性。

2. 合同主体一致性：在招投标法律关系中，中标后签订合同的主体应与投标主体保持一致。分公司中标后，应由分公司作为合同主体与甲方签订合同，以确保合同的有效性和合法性。

3. 法律责任明确性：若总公司代替分公司签订合同，可能导致法律责任不明确。在合同履行过程中，若出现纠纷或违约情况，总公司和分公司之间可能因责任划分不清而产生争议，给甲方带来不必要的麻烦和损失。

二、特定条件下的合法性

尽管一般情况下总公司不能直接签合同，但在某些特定条件下，这种行为可能具有合法性：

1. 招标人同意：如果招标人在招投标文件中明确规定或事先说明允许总公司代分公司签订合同，并且在实际操作中获得了招标人的明确同意或认可，那么这种操作可能具有合法性。但这种情况较为罕见，且需要招标人出具明确的书面同意文件。

2. 特别授权：如果分公司获得总公司的特别授权，明确授权总公司就该中标项目签订合同，并且这种授权得到了招标人的充分披露和认可，那么合同签订行为也有可能得到有效处理。但同样，这种情况也需要明确的书面授权文件，并确保招标人对此无异议。

三、实际操作中的建议

1. 严格遵守招投标规则：在参与招投标活动时，应严格遵守相关规则和程序，确保投标主体与合同主体一致，避免出现不必要的法律风险和问题。

2. 明确合同主体和责任：在签订合同时，应明确合同主体和各自的责任范围，确保合同的有效性和合法性。若因特殊原因需要变更合同主体，应事先获得招标人的同意，并签订补充协议进行明确。

3. 咨询专业律师：鉴于此类问题可能涉及的复杂法律问题，建议在实际操作前咨询专业律师。我可以根据具体的项目情况、地区法律法规以及合同条款，为你提供针对性的法律建议和解决方案。

总结：总公司中标后，一般不可以直接用分公司与甲方签订合同。但在特定条件下，如获得招标人同意或分公司特别授权的情况下，这种操作可能具有合法性。为确保操作的合规性和有效性，建议在实际操作前咨询我，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。