关于血液透析中心是否可以开在小区内的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要综合考虑多个方面的因素和规定。

首先，从国家卫生计生委发布的《血液透析中心基本标准和管理规范(试行)》来看，血液透析中心是单独设置的医疗机构，具有独立法人地位，并需由省级及以上卫生计生行政部门进行设置审批。这意味着，血液透析中心的开设并非随意进行，而是需要经过严格的审批流程。

其次，关于血液透析中心的具体选址，虽然上述文件并未直接规定不能开在小区内，但通常这类医疗机构的开设会考虑到周边环境、居民生活、交通状况以及医疗安全等多方面因素。例如，如果血液透析中心紧邻居民区，可能会引发居民对于噪音、污染、医疗废物处理等方面的担忧，同时也可能涉及到与居民生活的协调问题。

再者，从实际操作和地方政策的角度来看，不同地区可能对于血液透析中心的开设有着更为具体和细致的规定。比如，有的地方可能规定血液透析中心与居民区之间需要保持一定的距离，或者需要经过周边居民的同意等。这些规定旨在平衡医疗服务的可及性和居民生活的质量。

以您提供的荆州市的案例为例，有居民反对在小区楼下建血液透析中心，这反映了居民对于此类医疗机构开设的敏感性和关注度。虽然最终答复是建议向审批科反映，但这也说明了在开设血液透析中心时，需要充分考虑并尊重周边居民的意见和利益。

综上所述，血液透析中心是否可以开在小区内，并没有一个统一的答案。它取决于多个因素的综合考虑，包括国家政策、地方规定、周边环境以及居民意见等。因此，如果您或相关方面有开设血液透析中心的计划，建议您先详细了解并遵守当地的相关政策和规定，同时积极与周边居民进行沟通和协调，以确保项目的顺利进行和社会的和谐稳定。