关于“员工抽烟被罚款是否合法”这一问题，我们可以从多个法律层面进行详细分析。
一、一般情况下的不合法性
首先，从法律层面来看，根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位并没有直接对员工进行罚款的法定权利。这些法律主要强调用人单位应依法支付劳动者劳动报酬，并保障劳动者的合法权益。罚款属于财产罚，是对公民财产权的一种剥夺，而公司作为非行政执法机关，一般无权对员工实施罚款行为。
二、特定情形下的合理性探讨
尽管在一般情况下公司无权对员工进行罚款，但在特定情形下，如果公司规章制度有明确规定且符合相关法律法规要求，对违规抽烟员工进行一定经济处罚可能具有一定合理性。这种合理性主要体现在以下几个方面：
有合法依据：公司规章制度中明确规定了禁止在特定区域（如生产车间、仓库等存在火灾安全隐患的区域）吸烟，并规定了相应的违规处罚措施。
经过民主程序制定：该规章制度必须经过民主程序制定，如经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并向劳动者进行了公示或者告知。
罚款金额合理：即使在有合法依据的情况下，公司对员工的“罚款”金额也应当合理，不应明显超出员工因违规行为给公司造成的损失，或与员工的工资收入严重不相称。例如，公司规定抽烟罚款1000元，如果这一金额明显过高，超出了合理范畴，那么该规定可能因显失公平而不具有合法性。
三、员工权益保护
作为员工，应当了解公司的规章制度，并确保公司罚款行为是否符合规章制度中的规定。如果认为公司罚款行为不合理或存在违法行为，员工可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
向公司相关部门提出申诉：要求公司重新审查并作出公正处理。
寻求法律援助：如果公司未能给予公正处理或员工认为公司存在违法行为，可以寻求法律援助，通过法律途径来维护自己的合法权益。例如，向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
四、综合判断与建议
综上所述，公司对抽烟员工进行罚款在一般情况下是不合法的。公司应当通过制定合理的内部管理规定来规范员工的行为，并在必要时寻求法律途径来维护企业的合法权益。如果公司确实需要设定罚款措施来约束员工行为，那么必须确保规章制度经过民主程序制定、向员工公示或告知、罚款金额合理且不显失公平，并且不侵犯员工的合法权益。
因此，对于员工而言，在面对公司罚款时，应当首先了解公司的规章制度和相关法律法规，确保自己的权益不受侵害。如果认为公司罚款行为存在不合理或违法行为，应当及时采取措施来维护自己的合法权益。