针对您提出的“单位员工停车罚款合法吗”这一问题，我可以明确地告诉您，单位对内部停车进行罚款，在一般情况下是不合法的。以下是我为您详细分析的原因及建议：
一、单位缺乏行政处罚权
罚款是行政处罚的一种形式，而根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关法律规定，只有具有行政处罚权的行政机关以及法律、法规授权的具有管理公共事务职能的组织，才有权实施罚款等行政处罚措施。单位作为企业法人或非法人组织，并非行政执法机关，因此不具备对员工或他人进行罚款的权力。
二、特定法律条款的限制
《中华人民共和国道路交通安全法》第九十三条明确规定了对于违反机动车停放规定的处罚主体为公安机关交通管理部门。这意味着，即使是在单位内部的停车区域，单位也无权对违反停放规定的车辆进行罚款。
三、合同条款的效力问题
有些单位可能会在内部规章制度或合同中规定停车罚款条款。然而，如果这些条款违反了法律法规的强制性规定，如明显不合理或加重了员工负担，那么根据《中华人民共和国民法典》等相关法律，此类条款很可能会被认定为无效。
四、合法替代措施与维护秩序的建议
制定规章制度：单位可以制定明确的规章制度，规范员工及访客的车辆停放行为，确保停车秩序井然有序。
采取非罚款惩戒措施：对于违反规章制度的行为，单位可以采取警告、通报批评、限制车辆进入等措施进行惩戒。如果单位与员工之间有合同约定，且该约定合法，单位也可以收取合理违约金，但这必须基于合同约定且合法合规。
民事合同行为：如果单位明确其停车区域属于有偿租赁使用性质，并且事先已将收费标准等相关事项明确告知停车人，那么单位可以收取一定费用作为租金或管理费。这并不属于罚款范畴，而是一种民事合同行为。
五、员工权益保障与申诉机制
单位在制定和执行相关规章制度时，应当遵循公平、公正、公开的原则，确保所有员工都能够得到平等对待。同时，单位应当为员工提供申诉渠道，确保员工在受到惩戒时有权提出异议并寻求解决。
六、实际操作建议
如果您或您的同事遇到了单位进行所谓“停车罚款”的情况，首先应与单位进行沟通，要求其说明罚款依据。如果认为单位的罚款行为侵害了自己的权益，有权拒绝缴纳，并可向劳动监察部门（如果是单位与员工之间的纠纷）或相关管理部门反映情况。必要时，您也可以通过法律途径维护自身合法权益，如提起民事诉讼或申请仲裁等。
综上所述，单位对内部停车进行罚款是不合法的。单位应当通过制定和执行合法的规章制度来维护内部停车秩序，并采取合法手段对违规行为进行惩戒，同时注重保障员工的合法权益。