针对您提出的“二次入职的员工是否有试用期”这一问题，我可以给您一个清晰且详细的解答。

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动合同法》第十九条第二款的规定：“同一用人单位与同一劳动者只能约定一次试用期。”这一条款是明确且具有法律效力的，它规定了无论劳动者在同一用人单位内经历多少次入职或离职，用人单位都只能与其约定一次试用期。

接下来，我们来看您提到的具体情况：员工从本公司A岗位离职5年后，再次入职本公司B岗位，且两个岗位的职责和层级完全不同。尽管岗位发生了变化，但根据《劳动合同法》的上述规定，这并不影响“同一用人单位与同一劳动者只能约定一次试用期”的原则。也就是说，无论员工入职的是哪个岗位，只要他/她之前已经与该用人单位约定过试用期，那么再次入职时，用人单位就不能再与其约定试用期了。

此外，您还提到了一些劳动部的文件，如《关于实行劳动合同制度若干问题的通知》和《关于中华人民共和国劳动法若干条文的说明》等。这些文件中可能包含了一些关于试用期的不同表述或规定。但根据法律适用的原则，当这些文件与《劳动合同法》的规定不一致时，我们应当以《劳动合同法》的规定为准。

因此，综合以上分析，我们可以得出结论：二次入职的员工，在同一用人单位内，无论入职的是哪个岗位，都只能约定一次试用期。如果员工之前已经与该用人单位约定过试用期，那么再次入职时，用人单位就不能再与其约定试用期了。

希望这个解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。