结论前置：公司扣绩效工资不一定违反劳动法，是否违法需根据具体情况判断。以下从合法与违法两种情形进行详细分析：
合法扣除绩效工资的情形
绩效考核不达标：
- 若劳动合同或公司规章制度中明确约定了绩效考核标准，且员工未达到该标准，公司有权依据制度扣除相应的绩效工资。例如，销售岗位员工未完成季度业绩目标，公司按照约定比例扣减其绩效奖金，这是合法的。
严重违规或失职：
- 员工存在重大过失，如泄露商业秘密、旷工等行为，导致公司遭受损失，公司可以通过绩效考核机制扣减工资。但需注意，此类扣款必须与员工的损失程度合理关联，不能随意扣减。
协商一致调整：
- 公司与员工就薪酬结构达成书面变更协议，例如将部分固定工资转为绩效工资，并重新约定考核规则。在这种情况下，公司按照新的考核规则扣除绩效工资也是合法的。
违法扣除绩效工资的典型情形
无制度依据扣款：
- 公司未制定绩效考核制度，或制度未经民主程序公示，直接以“绩效不佳”为由扣发工资，这是违法的。因为员工无法知晓考核标准，也无法对考核结果进行申诉。
随意克扣工资：
- 公司未明确考核标准，即主观认定员工表现差，或扣款金额与考核结果明显不匹配，如轻微失误扣发全额奖金，这也是违法的。因为扣款缺乏合理依据，侵犯了员工的合法权益。
双重处罚：
- 公司已对员工的违规行为进行罚款后，再次通过绩效考核重复扣减工资，这同样构成违法。因为员工不应因同一行为受到两次处罚。
拖欠/拒付应得绩效：
- 员工完成考核指标后，公司无故拖延发放或拒绝支付绩效工资，这也是违法的。因为公司必须按照约定及时足额支付员工应得的劳动报酬。
法律依据与维权建议
关键法条：
- 《劳动合同法》第三十条规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
- 《工资支付暂行规定》第十六条明确，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
维权步骤：
- 核对劳动合同及公司制度中关于绩效考核的条款，确认公司扣款是否有合法依据。
- 收集考勤记录、工作成果证明等材料，佐证自己的绩效完成情况。
- 与公司协商，要求公司说明扣款依据，并尝试达成和解。
- 若协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张补发工资差额及赔偿金。
总结：公司扣绩效工资是否违法，需根据具体情况判断。作为员工，应了解自己的权益，并在面临绩效扣款问题时采取适当的措施进行维权。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。