自动离职的员工，对于其已经付出的劳动部分，有权获得相应的工资报酬。不过，具体支付情况会因员工离职的具体原因、公司的规章制度以及劳动合同的具体约定等因素而有所不同。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据与基本原则
根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，劳动者为用人单位提供劳动，即应获得相应的劳动报酬。这一原则不因员工离职方式（包括自动离职）而改变。因此，即使员工未按照正常程序办理离职手续，对于其已实际付出的劳动，用人单位仍有义务支付工资。
二、工资计算与支付
工资计算标准：用人单位应按照员工实际出勤天数及双方约定的工资标准来计算应支付的工资。例如，若员工月工资为5000元，当月实际出勤15天，按月计薪天数21.75天计算，其应得工资约为3448元（计算公式为：\(5000{\\div}21.75\\times15\)）。
支付义务：无论员工离职原因如何，用人单位均应在员工离职后合理时间内结清其应得工资。这通常会在正常的工资发放日进行，或者双方协商确定一个合理的支付时间。
三、特殊情况处理——经济损失的赔偿
赔偿与工资分离：若员工自动离职给用人单位造成了直接经济损失，且用人单位能够证明该损失的具体数额和关联性，可以要求员工赔偿。但赔偿与支付工资是两个独立的法律关系，用人单位不得以赔偿为由拒绝支付工资。
扣除限额：在赔偿过程中，用人单位可从员工工资中扣除相应部分，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。例如，若员工月工资为5000元，当地月最低工资标准为2000元，那么用人单位每月最多只能扣除1000元（5000元的20%）作为赔偿，剩余工资不得低于2000元。
四、公司规章制度与劳动合同的约定
虽然劳动者有权获得已工作期间的工资，但具体支付情况还需考虑公司的规章制度和劳动合同的约定。如果员工无故旷工或违反公司规定导致自动离职，根据公司的规章制度和劳动合同约定，公司可能会拒绝支付该员工剩余的工资（如未出勤部分的工资），甚至可能追究其违约责任（如支付违约金）。但需要注意的是，公司规章制度和劳动合同的约定不得违反法律法规的强制性规定。
五、未结算的劳动报酬
即使是自动离职的员工，如果他们之前在公司工作期间有加班、奖金、提成等未结算的劳动报酬，那么在离职时也有权要求公司按照相关规定进行结算和支付。这些未结算的劳动报酬同样属于员工应得的工资范畴。
六、劳动者权益保护途径
如果用人单位以自动离职为由拒绝支付工资或存在其他违法行为，劳动者可以通过以下途径维护自身权益：
协商沟通：员工首先应与用人单位进行协商，要求支付工资。
投诉举报：若协商无果，员工可向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位支付工资。
劳动仲裁：员工还可向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己获取工资报酬的权益。
总结：自动离职的员工有权获得其已付出劳动部分的工资报酬，这是法律赋予的基本权益。用人单位应依法履行支付工资的义务，并在处理经济损失赔偿时遵守相关法律法规的规定。员工在遭遇工资拒付时，也应积极采取合法途径维护自己的权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。