公司实行大小周工作制，在遵守相关法律法规的前提下，是合法的。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律依据与基本规定

1. 工时制度：根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。这是判断大小周工作制是否合法的基础标准。在大小周工作制下，需确保劳动者每日工作时间不超过八小时，且在大周（工作六天）与小周（工作五天）的交替中，平均每周工作时间不超过四十四小时。

2. 休息日规定：根据《中华人民共和国劳动法》第三十八条，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。这是保障劳动者休息权益的重要法律规定。在大小周工作制下，公司必须保证劳动者每周至少休息一日，无论是在大周还是小周。

二、大小周工作制的合法性条件

1. 工作时间合规：公司需确保劳动者每日工作时间不超过八小时，且平均每周工作时间不超过四十四小时。若因特殊原因需要延长工作时间，应依法支付加班费。

2. 休息日保障：公司必须保证劳动者每周至少休息一日，这是法律的要求，也是保障劳动者身心健康和工作效率的必要条件。

3. 员工同意与协商：公司在实施大小周工作制时，应与员工进行充分协商，并取得员工的明确同意。这有助于增强员工的工作满意度和归属感，减少因工作制度变更带来的不满和纠纷。

4. 加班费支付：如公司在大小周工作制下安排劳动者加班，必须按照法律规定支付加班费。具体标准为：延长工作时间支付不低于工资的150%的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的200%的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的300%的工资报酬。

三、特殊情况下的合法性判断

1. 特殊工时制度审批：对于某些特殊行业或企业，因生产经营特点或工作性质需要，可能会实行特殊的工时制度，如不定时工作制或综合计算工时工作制。在这种情况下，公司需经过劳动行政部门的审批，并按照审批要求进行操作，才能确保大小周工作制的合法性。

2. 避免违反其他劳动法规：除了工作时间和休息日的规定外，劳动法律法规还对劳动者的劳动报酬、劳动保护等方面做出了一系列规定。公司在实行大小周工作制时，必须严格遵守这些规定，避免侵犯劳动者的合法权益。

四、实际操作建议

1. 完善内部制度：公司应制定详细的大小周工作制实施方案，明确工作时间、休息日、加班费支付等关键条款，确保制度的合法性和可操作性。

2. 加强员工沟通：在实施大小周工作制前，公司应与员工进行充分沟通，解释制度的目的、内容和实施方式，取得员工的理解和支持。

3. 定期评估调整：公司应定期对大小周工作制的实施效果进行评估，根据实际情况进行调整和优化，确保制度的持续有效性和员工的满意度。

总结来说，公司实行大小周工作制在遵守相关法律法规的前提下是合法的。为确保其合法性，公司应重点关注工作时间、休息日保障、员工同意与协商以及加班费支付等方面的问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。