请年假通常不会扣全勤，但具体是否会影响全勤奖还需参考公司的具体规定及劳动合同中的相关条款。以下是对这一问题的详细分析：
法律层面分析
年假的法定性：
- 根据《职工带薪年休假条例》的规定，连续工作1年以上的职工有权享受带薪年休假。这是劳动者的法定权利，旨在保障劳动者的休息权益。
- 在年休假期间，劳动者不仅享有休假的权利，还享有与正常工作期间相同的工资收入，且休假期间视为出勤。
全勤奖的考核标准：
- 全勤奖通常是对员工在特定周期内（如整月）无迟到、早退、请假及旷工记录的一种奖励措施。
- 由于年假是劳动者的法定待遇，且休假期间视为正常出勤，因此年假不应被视为影响全勤考核的因素。
公司规定与劳动合同的作用
公司规定的差异性：
- 不同公司可能有各自特殊的规章制度，部分公司可能会将全勤奖与出勤天数挂钩，或者对全勤奖的评定有其他特定要求。
- 在这种情况下，员工应仔细查阅公司的员工手册、劳动合同或相关规章制度，以了解年休假与全勤奖之间的具体关系。
劳动合同的约定：
- 如果劳动合同中明确规定休年休假会扣除全勤奖，并且这些规定已经明确告知劳动者，同时不违反法律法规的强制性规定，那么这些规定对劳动者具有约束力。
- 但即便如此，从法律原则和精神上看，年假作为劳动者的法定权利，其享受不应成为扣除全勤奖的理由，除非劳动合同或公司规章制度中有特别且合法的约定。
实际操作建议
查看公司规定：
- 员工应首先查看公司的员工手册、劳动合同或相关规章制度，明确年休假与全勤奖的具体规定。
沟通协商：
- 如果公司规定中存在不明确或不合理之处，员工应与人力资源部门进行沟通协商，寻求合理的解决方案。例如，可以提出将年假视为正常出勤，不影响全勤奖的发放。
维护权益：
- 若公司拒绝遵守法律规定或合理规定，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，员工应提供相关证据，如劳动合同、公司规章制度、年假申请记录等，以支持自己的主张。
总结来看，请年假是劳动者的法定权利，且休假期间视为正常出勤。因此，在一般情况下，用人单位不应因员工休年假而扣发其全勤奖。然而，具体是否会影响全勤奖还需参考公司的具体规定及劳动合同中的相关条款。员工应了解自己的权益和公司规定，以便在必要时采取适当的行动来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。