公司绩效考核扣员工工资在符合法律规定的条件下是合法的，但若违反相关法律规定则不合法。以下是对此问题的详细分析：
合法情形及条件
制度依据：
- 企业应制定明确的绩效考核制度和薪酬管理制度，这些制度需经过民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论）制定，并向劳动者公示或告知。绩效考核制度应明确考核标准、考核周期、考核结果的应用等关键内容。例如，若公司规定每月进行一次绩效考核，且明确列出了各项考核指标及其权重，同时告知了员工考核结果将如何影响工资，这样的制度就是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
合同约定：
- 用人单位与劳动者签订的劳动合同中应明确约定绩效工资的发放条件和扣减规则。若劳动合同中有“因劳动者未能达到绩效考核标准，用人单位可以扣减绩效工资”的类似条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，则企业有权根据绩效考核结果扣减工资。例如，劳动合同中明确约定了绩效工资占工资总额的20%，且当员工绩效考核不达标时，公司可以扣减这部分绩效工资。
合理性与公正性：
- 绩效考核过程应公开透明，确保考核结果的客观性和公正性。扣减工资的比例和幅度应合理，避免过度扣减导致劳动者收入过低。例如，公司应确保考核指标的设定是合理的，且考核过程中没有主观臆断或暗箱操作的情况。
法律底线：
- 扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。这是保障劳动者基本生活权益的重要底线。例如，若当地最低工资标准为2000元/月，那么即使员工绩效考核不达标，公司扣减工资后，其实际工资也不得低于2000元/月。
不合法情形及后果
无制度或合同依据：
- 若企业未制定绩效考核制度或未在劳动合同中约定绩效工资的扣减规则，则企业无权擅自扣减劳动者的工资。例如，公司没有明确的绩效考核制度，却以绩效考核不达标为由扣减员工工资，这样的行为就是违法的。
考核过程不公正：
- 若绩效考核过程存在主观臆断、暗箱操作等行为，导致考核结果不公正，则企业基于该结果扣减工资的行为可能被视为违法。例如，公司领导在考核过程中存在偏见或私心，导致某些员工的考核结果不公正，这样的考核结果不能作为扣减工资的依据。
违反法律底线：
- 若扣减后的工资低于当地最低工资标准，或扣减行为违反了其他法律法规的强制性规定，则企业的行为构成违法。例如，公司扣减工资后，员工的实际工资低于了当地最低工资标准，这样的行为就是违法的。
法律后果：
- 对于违法的扣减工资行为，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求企业补发工资并承担相应的法律责任。例如，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉公司的违法行为，或者向劳动仲裁机构申请仲裁，要求公司补发被扣减的工资，并可能获得相应的经济补偿。
建议：
- 对于劳动者而言，若认为公司绩效考核扣工资的行为不合法，首先应尝试与公司进行协商沟通，了解扣减工资的具体原因和依据，并表达自己的意见和诉求。
- 若协商无果，劳动者可向当地劳动行政部门投诉，寻求政府部门的帮助和支持。
- 如问题仍无法解决，劳动者可向劳动仲裁机构申请仲裁，或在必要时向人民法院提起诉讼，通过法律途径来维护自身合法权益。
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