面对员工因未签劳动合同而申请仲裁的情况，公司应积极准备证据，明确责任归属，尝试协商和解，并在必要时积极参与仲裁程序，同时完善内部管理以降低法律风险。 以下是具体分析和建议：

一、前期准备阶段

1. 核实仲裁请求及证据

   • 公司应认真核查员工的仲裁请求，包括双倍工资差额、支付拖欠工资及加班费等具体诉求。
   • 仔细分析员工提交的证据，如工资支付记录、工作证、考勤记录等，评估其证明力，以便制定应对策略。

2. 梳理相关事实与证据

   • 确认劳动关系存续时间：收集考勤记录、工作成果交付记录、工资发放记录等，以证明员工的实际工作时间。
   • 核查未签合同原因：若是员工方面导致未签合同，如拒绝签订或拖延签订，公司应收集书面通知、沟通记录、证人证言等证据，以证明公司已尽到签订合同的义务。

3. 判断责任归属

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十二条，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。因此，若公司疏忽或故意未签合同，需承担相应法律后果。
   • 若公司能证明未签合同的责任在员工，则可减轻或免除公司的法律责任。

4. 完善内部管理

   • 建立健全劳动合同签订管理制度，明确签订流程和责任部门，确保新员工入职时及时签订书面劳动合同。
   • 定期组织管理人员和人力资源部门工作人员参加劳动法律法规培训，提高法律意识和风险防范能力。

二、应对仲裁程序阶段

1. 积极参与仲裁程序

   • 公司应按时提交答辩材料，针对员工的仲裁请求逐一回应和反驳，阐明公司立场和理由。
   • 按时参加庭审，公司法定代表人或委托代理人应出庭应诉，维护公司合法权益。

2. 庭审中有效举证和辩论

   • 在庭审过程中有序出示公司收集和整理的相关证据，并清晰说明证据的来源、内容和证明目的。
   • 针对员工的主张和证据进行有理有据的辩论，强调公司的合规性和合理性，如已尽到签订合同的提醒义务等。

3. 尝试协商和解

   • 在法律框架内尝试与员工沟通，寻求和解方案。例如，协商支付一定补偿以解决纠纷，避免仲裁程序带来的时间和经济成本。
   • 注意核对员工申请仲裁的时间，若超出《劳动争议调解仲裁法》规定的一年时效期，可作为抗辩点。

三、后续执行与改进阶段

1. 尊重仲裁结果

   • 若仲裁裁决公司需承担责任，如支付赔偿金、补签劳动合同等，公司应尊重裁决结果并按要求履行义务。
   • 若认为裁决存在问题，可在法定期限内向有管辖权的人民法院提起诉讼，但需充分评估上诉风险和成本。

2. 持续改进管理

   • 针对此次仲裁暴露出的问题，公司应进一步完善劳动管理制度，加强合同签订和履行过程中的监督和管理。
   • 定期对劳动合同签订情况进行自查和整改，确保公司劳动用工的合法性和规范性。

示例说明：假设公司因疏忽未与员工签订劳动合同，员工因此申请仲裁要求支付双倍工资差额。在仲裁过程中，公司若能提供考勤记录、工资发放记录等证据证明员工的实际工作时间，并证明公司已尽到签订合同的提醒义务（如通过邮件、短信等方式通知员工签订合同），则可能减轻或免除公司的法律责任。但无论如何，公司都应从中吸取教训，加强内部管理，避免类似情况再次发生。

特别提示：在处理此类纠纷时，公司应保持冷静和理性，避免与员工发生不必要的冲突和矛盾。通过合法合规的方式解决问题，既维护了公司的合法权益，也体现了公司的社会责任感和良好形象。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。