结论前置：军婚中女方父亲有案底，并不直接构成法律上的结婚障碍，但可能会在政治审查、心理层面及家庭关系上带来一定挑战。以下是对此问题的详细分析：

法律与政治审查层面

1. 法律基础：

   • 根据《中华人民共和国民法典》及相关婚姻法规，只要男女双方符合自愿、达到法定婚龄、无禁止结婚的亲属关系等基本条件，即可正常进行婚姻登记。女方父亲有案底并不属于法律禁止结婚的情形。

2. 政治审查：

   • 军队对军婚实行政治审查，会综合考虑女方父亲的案底性质，如是否为严重刑事犯罪、犯罪的严重程度及时间远近等。轻微或过往很久的违法记录通常不会对军婚审批产生实质性影响，但严重的、性质恶劣的刑事犯罪记录可能会增加审查的严格程度。
   • 具体影响：若案底涉及危害国家安全、恐怖活动、严重暴力犯罪等，这些行为可能被视为具有较高的社会危害性和政治风险，从而影响军婚的审批。相反，如果案底是轻微的违法行为，如轻微的交通肇事，且已经服刑完毕或完成相应处罚，通常不会对军婚的审批造成实质性的阻碍。

心理与家庭关系层面

1. 心理调适：

   • 军人一方可能需要时间来接受和消化女方父亲有案底的情况。夫妻双方应坦诚沟通，理解对方的想法和担忧，共同面对这一状况。必要时可寻求心理咨询或支持，以维护双方的心理健康。

2. 家庭关系维护：

   • 女方父亲有案底可能在一定程度上影响家庭关系，尤其是在与军人一方家庭相处时。夫妻双方需共同努力维护家庭和谐，避免因此引发不必要的矛盾。在处理与女方父亲的关系时，应妥善把握分寸，既尊重亲情又考虑到军人职业的特殊性和家庭整体氛围。

实际操作建议

1. 详细了解案底情况：

   • 包括案件的性质、严重程度、判决结果以及是否涉及国家安全或刑事犯罪等，以便全面评估后续可能的影响。

2. 与伴侣坦诚沟通：

   • 说明女方父亲的情况，共同商讨应对策略，确保双方的理解和支持。

3. 准备必要的材料：

   • 根据军队要求准备相关证明材料，如女方父亲的判决书、改造表现证明等，以便军队对情况进行全面评估。

4. 严格遵守军队规定：

   • 在整个过程中应严格遵守军队的相关规定和程序，确保所有行动都符合法律法规和军队纪律。

特殊情况考虑：

• 如果军人从事的是涉及军事机密的高科技工作，那么非军人一方（包括其家庭成员）若有危害国家利益的犯罪记录，就可能成为双方结婚的障碍。因为这种情况下，非军人一方的行为可能会对军人的工作安全构成潜在威胁，需要特别审慎对待。

总结与建议：

• 面对女方父亲有案底的情况，在军婚中需要综合考虑法律、政治审查、心理及家庭关系等多个方面。通过谨慎处理、积极沟通和准备充分的材料，可以有效应对这一挑战，确保婚姻的顺利进行和家庭的和谐稳定。
• 如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供针对性的法律建议。