工厂加班超过12小时，在未经特定程序和批准的情况下，是违法的。下面我将从多个角度为你详细分析：

法律规定

根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定：

1. 正常工作时间：国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。

2. 加班时长限制：

   • 用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后，可以延长工作时间，但一般每日不得超过一小时。
   • 在特殊原因下，且需保障劳动者身体健康的条件下，延长工作时间每日也不得超过三小时，并且每月累计不得超过三十六小时。

3. 特殊情况下的加班：在发生自然灾害、事故等紧急情况，威胁劳动者生命健康和财产安全，或生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，影响生产和公众利益等特殊情形下，延长工作时间不受上述限制，但这种情况非常特殊且罕见。

违法后果

如果工厂长时间安排员工每日工作超过十二小时，且未经特定程序和批准，这明显超出了法律规定的正常工作时间和加班时长限制，构成了对劳动者合法权益的侵害。在此情况下：

1. 行政处罚：劳动保障行政部门将给予警告，责令限期改正，并可按受侵害的劳动者每人100元以上500元以下的标准处以罚款。

2. 劳动者权益保护：劳动者有权拒绝过度加班，并可通过与工厂协商、申请劳动仲裁或向劳动监察部门投诉等途径维护自身权益。工厂应支付劳动者相应的加班工资及经济补偿。

加班费支付标准

工厂应按照《中华人民共和国劳动法》的相关规定支付加班费：

• 安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。
• 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
• 法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

建议与行动

1. 与工厂协商：如果你发现工厂经常安排超时加班，首先可以尝试与工厂管理层进行沟通，表达你的担忧和诉求，寻求合理的解决方案。

2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，你可以向当地劳动监察部门提出投诉，请求其对工厂的违法行为进行查处。

3. 申请劳动仲裁：你还可以通过劳动仲裁委员会提起劳动仲裁，要求工厂支付加班工资、经济补偿等应得权益。

总结：工厂加班超过12小时，在未经特定程序和批准的情况下，是违法的。作为劳动者，你有权拒绝过度加班，并通过法律途径维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。