结论前置：若您的车辆明明停在车库却收到违停短信，首先不要慌张，这可能是系统误报、信息录入错误或存在其他特殊情况。您可以通过以下步骤来核实情况并维护自己的合法权益。

一、核实短信真实性及初步判断

1. 确认短信来源：收到违停短信后，先仔细查看短信的发送方，确认是否为正规的交通管理部门。有时诈骗短信会伪装成违停通知，试图骗取您的个人信息或钱财。
2. 检查车辆情况：立即检查车辆是否确实停在车库内，确保没有他人借车或车辆被盗用去违规停放。同时，检查车辆外观、车牌等是否有被不法分子套牌的迹象。

二、及时收集证据

1. 车辆位置证据：拍摄清晰的车辆在车库内的照片或视频，确保照片能显示车辆全貌、车牌号以及车库的相关特征（如车库门、编号、周边标志性物品等）。视频可以更直观地展示车辆停放的位置和状态。
2. 时间证据：记录拍摄时间，确保与违停短信通知的时间相匹配。如果您的设备自动记录时间，则无需额外说明；否则，可以在拍摄时清晰报出当前时间，或者在手机设置中开启时间水印功能。

三、联系交警部门与管理方

1. 沟通说明情况：尽快拨打短信上提供的交警部门联系电话，或前往当地交通管理部门的违法处理窗口，向工作人员说明实际情况，并表明车辆当时停在车库内。
2. 提交证据：将收集好的照片、视频等证据提供给交警部门，以便他们核实情况。同时，也可以考虑将情况告知车库管理方，询问是否存在管理上的疏漏或误解，比如车库入口处的识别系统是否出现故障。
3. 现场检查：如果可能，回到车库现场检查是否有违停标志或监控摄像头。如果有监控摄像头，可以请求车库管理方协助调取监控录像，以进一步了解自己的停车情况是否合规。

四、等待并跟进调查结果

1. 调查流程：交警部门会根据您提供的证据展开调查，包括查看监控录像、核对执法记录等，以确定是否存在信息错误。
2. 结果反馈：耐心等待交警部门的调查结果。如果经调查确认是误发信息，他们会及时撤销该违停记录，并向您作出解释。
3. 持续跟进：如果长时间未收到反馈或结果不满意，可以主动联系交警部门了解进展或提出异议。您可以询问调查的具体进度，以及是否需要您提供进一步的证据或信息。

五、异议处理方式

1. 行政复议：如果交警部门的初步调查结果未能支持您的诉求，您可以在规定时间内（一般是自知道该具体行政行为之日起六十日内）向上一级公安机关交通管理部门或者本级人民政府提出行政复议申请。在申请行政复议时，您需要提交详细的申诉材料，包括之前收集的证据和交警部门的初步调查结果。
2. 行政诉讼：若行政复议结果仍不能令您满意，您还可以在收到复议决定书之日起十五日内向有管辖权的人民法院提起行政诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。在提起行政诉讼前，建议您咨询专业律师，了解诉讼流程和可能的风险。

六、特殊情况处理

1. 车库问题：如果发现是车库管理方的问题（如误报、标志不清等），可以与车库管理方协商解决，并要求其采取措施避免类似情况再次发生。例如，要求车库管理方加强入口处的识别系统维护，或者增设明显的停车指示标志。
2. 确实违停：如果经过核实，发现车辆确实存在违停行为（尽管您认为停在车库内，但可能因车库规划、管理等原因导致实际违停），则应按规定接受处罚，并吸取教训，遵守交通规则。在这种情况下，您可以向交警部门了解违停的具体原因和依据，以便今后避免类似情况的发生。

温馨提示：在整个处理过程中，请保持冷静和理性，积极配合交警部门的工作。如果您需要进一步的法律帮助或咨询，可以直接向我提问，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。