结论：科二练车时教练不在车上是否合法，需分情况讨论，主要取决于驾校的内部规定、教练与学员之间的约定以及具体的教学安排。
分析角度一：驾校内部规定与教学安排
驾校规定：不同的驾校可能有不同的教学规定和安全要求。一些驾校可能明确规定，在科目二练习过程中，教练必须全程在车上指导，以确保学员的安全和教学质量。如果驾校有这样的规定，那么教练不在车上就可能违反了驾校的内部规定。
教学安排：教练可能会根据学员的学习进度和实际情况，安排一些特定的练习环节，如让学员在特定区域进行自主练习，以检验学员的独立驾驶能力。在这种情况下，教练可能会暂时离开车辆，但通常会在附近观察，确保学员的安全。如果这种安排是合理的，并且得到了学员的同意，那么教练不在车上可能并不违法或违规。
分析角度二：教练与学员之间的约定
明确约定：在开始科目二练习之前，教练和学员之间可能会就教学安排、安全要求等方面进行明确的约定。如果双方约定教练必须全程在车上指导，那么教练不在车上就违反了这一约定。
隐含约定：即使没有明确的书面约定，教练和学员之间也可能存在一些隐含的约定或期望。例如，学员可能期望教练在练习过程中提供及时的指导和反馈。如果教练未能满足这些期望，虽然不一定构成违法或违规，但可能会影响学员的学习体验和效果。
分析角度三：法律法规与安全要求
法律法规：从法律法规的角度来看，并没有明确规定科目二练习过程中教练必须全程在车上。然而，教练作为专业人士，有责任确保学员的安全和教学过程的合规性。如果教练的离开导致学员发生安全事故或违反交通规则，教练可能需要承担相应的法律责任。
安全要求：无论法律法规如何规定，安全始终是驾驶培训的首要原则。教练在离开车辆之前，应确保学员已经掌握了必要的驾驶技能，能够在没有教练指导的情况下安全驾驶。同时，教练应选择合适的练习环境和时间，确保学员的练习过程不会对其他道路使用者造成安全隐患。
建议与后果：
建议：为了确保科目二练习的安全和有效性，建议学员在练习前与教练明确教学安排和安全要求。如果学员对教练的离开有疑虑或不安，应及时与教练沟通并寻求解决方案。
后果：如果教练的离开导致学员发生安全事故或违反交通规则，学员有权向驾校或相关部门投诉并寻求赔偿。同时，教练也可能面临法律责任和职业声誉的损害。
总结：科二练车时教练不在车上是否合法，并没有一个绝对的答案。它取决于驾校的内部规定、教练与学员之间的约定以及具体的教学安排。为了确保练习的安全和有效性，建议学员与教练进行充分沟通并明确相关要求。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。