盘点少了扣员工工资是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 非员工本人原因导致的盘点损耗

   • 若盘点损耗并非由员工本人故意或重大过失造成，例如商品过期、被盗（非员工所为）、供应商供货差异、系统录入错误等，那么用人单位无权以盘点损耗为由扣减员工工资。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

2. 员工本人原因导致的盘点损耗

   • 若用人单位有确凿证据证明商品损耗是由于员工本人故意或重大过失造成的，如员工监守自盗、工作严重失职导致商品损坏丢失等，那么用人单位有权按照劳动合同的约定要求员工赔偿经济损失。
   • 扣款限制：即使需要扣款，也需遵守《工资支付暂行规定》的限制，即每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资应不低于当地月最低工资标准。
   • 法律依据：同样依据《中华人民共和国劳动法》第五十条及《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，并从工资中扣除，但需遵守上述限制。

3. 用人单位的扣款行为需合法合规

   • 用人单位在扣款前应有明确的证据支持，不能仅凭猜测或推测就扣减员工工资。
   • 扣款行为需遵循相关法律法规，不能违反最低工资标准等法律规定。
   • 建议措施：用人单位应完善管理制度，建立科学的库存管理和盘点制度，通过优化流程减少人为误差；加强培训监督，定期开展业务培训并强化现场监督，提升员工规范操作能力；依法处理差异，发现盘点差异时，应通过调查取证明确责任主体，依据劳动合同或规章制度进行追责；规范扣款流程，确需扣款时须履行协商程序并形成书面协议，确保扣除金额符合法定比例要求。

4. 员工的权益保护

   • 如果用人单位随意以盘点为由扣减员工工资，员工有权与用人单位协商解决。
   • 协商不成时，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条，用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令。同时，《劳动保障监察条例》第二十六条也规定了用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的，由劳动保障行政部门责令限期支付，并可能加付赔偿金。

总结与建议：

• 用人单位在面对盘点损耗时，应首先查明原因，明确责任主体，再根据实际情况决定是否需要员工赔偿及赔偿金额。
• 扣款时需严格遵守相关法律法规，确保扣款行为合法合规。
• 员工在面对用人单位的扣款行为时，应了解自己的权益，并根据实际情况采取相应的法律措施来保护自己。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。