员工旷工单位却败诉，往往是因为单位在处理旷工问题时存在程序瑕疵或证据不足等情况。单位要合法处理旷工，需遵循一系列合法且合理的程序和规定。以下从多个角度为你详细分析：

一、单位败诉的可能原因

1. 程序瑕疵：单位在处理旷工员工时，可能未按照公司规章制度或法律法规规定的程序进行，如未提前通知员工、未听取员工申辩、未给予员工改正机会等。这些程序瑕疵可能导致单位在劳动仲裁或诉讼中处于不利地位。

2. 证据不足：单位在主张员工旷工时，需要提供充分的证据来证明员工确实存在旷工行为。如果单位无法提供有效的考勤记录、监控录像、同事证言等证据，或者证据存在瑕疵，那么单位的主张可能无法得到劳动仲裁机构或法院的支持。

3. 规章制度不合法或未公示：单位的规章制度如果违反了法律法规的强制性规定，或者未经过民主程序制定、未向员工公示，那么这些规章制度可能无法作为处理员工的依据。在这种情况下，单位以旷工为由处理员工，可能会因为规章制度不合法或未公示而败诉。

二、单位合法处理旷工的建议

1. 完善规章制度：

   • 单位应制定合法、合理、明确的规章制度，明确旷工的定义、处理程序、处罚措施等。
   • 规章制度应经过民主程序制定，并向员工公示或告知，确保员工知晓并同意。

2. 加强考勤管理：

   • 单位应建立完善的考勤制度，确保考勤记录的准确性和完整性。
   • 可以采用电子考勤、纸质考勤等多种方式相结合，以便在需要时提供有效的证据。

3. 依法处理旷工：

   • 在发现员工旷工后，单位应及时与员工沟通，了解旷工原因，并给予员工改正的机会。
   • 如果员工拒绝改正或旷工行为严重，单位应按照规章制度规定的程序进行处理，如发出书面警告、解除劳动合同等。
   • 在处理过程中，单位应确保程序合法、证据充分，避免出现程序瑕疵或证据不足的情况。

4. 注意解除劳动合同的合法性：

   • 如果单位决定因旷工解除与员工的劳动合同，应确保解除行为符合法律法规的规定。
   • 一般来说，单位需要证明员工存在严重旷工行为，且该行为违反了单位的规章制度或法律法规的强制性规定。
   • 解除劳动合同前，单位应通知工会或职工代表大会，并听取其意见（如有工会或职工代表大会）。
   • 解除劳动合同后，单位应向员工出具解除劳动合同的证明，并办理相关手续。

三、具体操作流程（以解除劳动合同为例）

1. 收集证据：收集员工旷工的考勤记录、监控录像、同事证言等证据。
2. 沟通协商：与员工进行沟通，了解旷工原因，并尝试协商解决。
3. 发出警告：如果员工拒绝改正或旷工行为严重，单位可以发出书面警告，明确告知员工旷工的后果。
4. 决定解除：在符合规章制度和法律法规规定的情况下，单位可以决定解除与员工的劳动合同。
5. 通知工会：如有工会或职工代表大会，单位应通知并听取其意见。
6. 出具证明：解除劳动合同后，单位应向员工出具解除劳动合同的证明，并办理相关手续。

最后，建议单位在处理旷工问题时，务必保持谨慎和合法，避免因为程序瑕疵或证据不足而败诉。如果遇到复杂的旷工问题或不确定如何处理，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和帮助。