耕地开垦费一般应交给负责耕地保护和管理的相关部门，具体来说，主要是由占用耕地的单位或个人缴纳给政府指定的部门或机构。以下是对这一问题的详细分析：
一、缴纳义务人
占用耕地进行非农业建设的单位或个人：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关实施条例，非农业建设经批准占用耕地的，需按照“占多少，垦多少”的原则，由占用耕地的单位负责开垦与所占用耕地的数量和质量相当的耕地。若无法自行开垦或开垦的耕地不符合要求，则需缴纳耕地开垦费。
- 例如，某企业因建设工厂占用耕地，若不能自行开垦出符合要求的耕地，则需按规定缴纳耕地开垦费。
临时占用耕地且无法或未能复垦的单位或个人：
- 这类情况指的是，单位或个人虽然只是临时占用耕地，但由于各种原因（如技术限制、资金不足等）无法或未能将耕地恢复到原状。此时，他们也需要通过缴纳耕地开垦费来补偿对耕地资源的损失。
二、缴纳对象与流程
- 缴纳对象：耕地开垦费一般应缴纳给政府指定的部门或机构，这些部门或机构负责耕地的保护、管理和开垦工作。
- 缴纳流程：具体的缴纳流程可能因地区而异，但通常包括以下几个步骤：
- 确定缴纳义务：根据占用耕地的具体情况和性质，确定是否需要缴纳耕地开垦费。
- 计算缴纳金额：根据占用耕地的面积、质量及开垦新耕地的成本等因素，计算应缴纳的耕地开垦费金额。
- 缴纳费用：按照规定的程序和要求，将耕地开垦费缴纳给政府指定的部门或机构。
三、法律意义与实际应用
- 法律意义：明确耕地开垦费的缴纳义务人及相关规定，对于保护土地资源、促进土地的合理开发和可持续利用具有重要意义。通过经济手段促使占用耕地的单位或个人承担开垦新耕地的责任，有助于保护宝贵的土地资源，实现土地的长期可持续发展。
- 实际应用：在实际操作中，相关单位和个人应严格遵守相关法律法规，确保耕地开垦费的及时缴纳与合规使用。政府部门也应加强耕地开垦费的管理和使用，确保资金的有效配置和生态环境的持续改善。
四、特殊情况与注意事项
- 特殊情况：在政府组织实施的土地开发整理项目中，旨在提高耕地质量、增加有效耕地面积，相关费用通常由政府从财政预算中安排资金支付，此时不需要由占用耕地的单位或个人缴纳耕地开垦费。
- 注意事项：
- 具体的缴纳义务人判定以及相关政策规定在不同地区可能存在一定差异，这主要受到当地土地管理法规和相关政策的影响。因此，在实际操作中，应参照当地的法律法规和政策文件来确定具体的缴纳义务人及其责任。
- 缴纳耕地开垦费不仅是对占用耕地行为的约束和惩罚，更是对耕地资源保护和合理利用的激励和支持。通过这一制度，可以促使单位和个人更加珍惜和合理利用耕地资源。
总结与建议：
耕地开垦费的缴纳是保护土地资源、促进土地合理开发和可持续利用的重要措施。在实际操作中，相关单位和个人应严格遵守相关法律法规，确保耕地开垦费的及时缴纳与合规使用。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议和指导。