针对营运车超员的处理，这确实是一个涉及道路交通安全和营运管理的重要问题。以下是根据相关法律法规和实际案例，为您提供的详细解答：

一、法律法规依据

根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十二条的规定，对于公路客运车辆载客超过额定乘员的情况，有明确的处罚措施：

1. 一般超员情况：公路客运车辆载客超过额定乘员的，将处以二百元以上五百元以下罚款。
2. 严重超员情况：如果超过额定乘员百分之二十或者违反规定载货的，将处以五百元以上二千元以下罚款。
3. 扣留机动车：对于有上述违法行为的车辆，公安机关交通管理部门有权扣留机动车，直至违法状态消除。
4. 对运输单位的处罚：如果运输单位的车辆存在上述情形，对直接负责的主管人员将处以二千元以上五千元以下罚款。

二、实际案例与处理

以某实际案例为例，一辆9座的小型普通客车实际载客13人（含司机），明显超员。公安交警部门对当事人超载超员的行为当场依法作出了行政处罚。同时，如果该车还涉嫌非法营运（如未取得道路运输经营许可而擅自从事道路旅客运输经营活动），交通运输执法部门将进一步调查取证，并依据《中华人民共和国道路运输条例》等相关法律法规作出相应的行政处罚。

三、乘客的权益与行动

1. 乘客的权益：乘客有权拒绝乘坐超员车辆，并有权向公安机关交通管理部门反映客车超载行为。
2. 乘客的行动：如果乘客发现客车有超载行为，应及时向公安机关交通管理部门举报，由公安机关交通管理部门依法核实处理。

四、建议与启示

1. 遵守法律法规：营运车辆应严格遵守道路交通安全法和营运管理相关规定，确保车辆不超员、不超载。
2. 增强安全意识：驾驶员和乘客都应增强安全意识，认识到超员超载的严重危害性，共同维护道路交通安全。
3. 选择合法营运车辆：乘客在出行时应选择乘坐合法营运、手续齐全、保险齐备的车辆，拒乘非法营运和超员车辆。

综上所述，营运车超员是严重的违法行为，不仅危及道路交通安全，还可能对乘客的生命财产安全造成威胁。因此，我们应严格遵守相关法律法规，共同维护道路交通安全和营运秩序。如果您在出行过程中遇到超员车辆或非法营运行为，请及时向相关部门举报。