结论：安全员离职后证书仍留在单位，这主要涉及到证书的归属及使用问题，需根据具体情况来处理。以下是从不同角度给出的分析和建议。
一、证书归属问题
证书性质：
- 若证书是安全员个人通过考试或培训获得，且证书上明确标注了个人姓名，那么该证书应属于个人所有。
- 若证书是单位出资培训并获得的，或者证书与单位有特定关联（如单位作为培训机构的合作方等），则证书的归属可能存在争议。但通常情况下，除非有特别约定，否则证书仍应视为个人财产。
单位无权扣留：
- 无论证书归属如何，单位在员工离职后均无权扣留其个人证书。证书是员工个人能力和资质的证明，单位无权剥夺员工对其的使用权。
二、处理方式
与单位协商：
- 安全员可以首先尝试与单位进行友好协商，说明证书对其个人职业发展的重要性，要求单位归还证书。
- 在协商过程中，可以提出单位如需使用证书复印件或扫描件进行备案等合理用途，可以配合提供，但原件必须归还。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，安全员可以向当地劳动监察部门投诉，说明单位扣留其个人证书的情况。
- 劳动监察部门会依法进行调查，并可能对单位进行处罚，同时要求单位归还证书。
提起劳动仲裁或诉讼：
- 如果劳动监察部门的处理未能满足安全员的需求，或者单位拒绝配合劳动监察部门的调查，安全员可以考虑提起劳动仲裁或诉讼。
- 在仲裁或诉讼过程中，安全员需要提供相关证据证明证书属于其个人所有，且单位无权扣留。如果证据充分，仲裁机构或法院会支持安全员的诉求，要求单位归还证书。
三、法律后果
单位可能面临的法律责任：
- 如果单位扣留员工个人证书，可能构成对员工财产权的侵犯，需要承担相应的法律责任。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，单位还可能因违反劳动法规而面临行政处罚或民事赔偿等法律后果。
对安全员的影响：
- 证书是安全员个人职业发展的重要支撑，扣留证书可能影响其求职、晋升等职业发展机会。
- 通过合法途径维护自己的权益，不仅有助于解决当前问题，还能为未来的职业发展扫清障碍。
建议：安全员在离职后应尽快与单位沟通证书归还事宜，并保留好相关证据（如证书复印件、培训记录、劳动合同等）以备不时之需。如果单位拒绝归还，可以按照上述方式依法维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。