在职仲裁后，公司的处理方式会根据仲裁结果、公司态度及具体案情有所不同，但通常可归纳为以下两种核心情形：

1. 若仲裁裁决公司败诉（需履行义务）

公司需在法定期限内（通常为裁决书生效后10日内）履行裁决内容，常见处理方式包括：

• 支付款项：如补发工资、加班费、经济补偿金、赔偿金等；
  
• 恢复劳动关系：若裁决要求撤销违法解除决定，公司需安排员工返岗，并补发停职期间的工资；
  
• 其他义务：如补缴社保、公积金，出具离职证明等。
  

若公司拒不履行：员工可向法院申请强制执行，法院可能采取查封财产、冻结账户、限制高消费等措施，甚至对公司法定代表人采取司法拘留等强制手段。

2. 若仲裁裁决员工败诉（公司胜诉）

公司通常无需额外行动，但可能根据内部管理需要采取以下措施：

• 维持原状：若仲裁驳回员工诉求（如违法解除赔偿、加班费等），公司可继续按原劳动合同或规章制度执行；
  
• 优化管理：若仲裁暴露公司管理漏洞（如未签劳动合同、未缴社保），公司可能主动完善制度以避免后续风险；
  
• 终止争议：若员工接受裁决结果，双方劳动关系可能自然延续或终止（如合同到期）。
  

特殊情形：若公司对裁决不服，可在收到裁决书后15日内向法院起诉（一裁终局案件除外），此时劳动关系可能因诉讼处于“不确定状态”，需等待法院判决结果。

温馨提示：仲裁结果对公司的影响不仅限于经济成本，还可能涉及企业信誉、用工合规性等隐性风险。若您面临具体仲裁案件，建议提供更多细节（如仲裁请求、证据情况等），我可进一步分析公司可能的应对策略及您的维权方向。