怀孕期间不能上班，公司是否应发工资，这取决于女职工不能上班的具体原因以及是否按照公司规定和法律要求进行了相应处理。以下是详细分析：
依法请假的情况
- 病假：如果女职工因怀孕身体不适需要请假休息，并提供了正规医院的诊断证明等相关材料，公司应按照病假处理。病假期间，公司应按照劳动合同的约定支付病假工资，且病假工资不得低于当地最低工资标准的80%。例如，若当地最低工资标准为2000元，则病假工资每月至少应发放1600元。
- 产假：女职工生育享受产假，产假期间工资照发。对于已经参加生育保险的女职工，产假期间的生育津贴由生育保险基金按照用人单位上年度职工月平均工资的标准支付；未参加生育保险的，则由用人单位按照女职工产假前工资的标准支付。例如，某女职工产假前月工资为8000元，且所在单位未参加生育保险，那么产假期间单位需每月向其支付8000元工资。
- 哺乳假：有不满1周岁婴儿的女职工，所在单位应在每班劳动时间内给予其两次哺乳（含人工喂养）时间，每次30分钟。多胞胎生育的，每多哺乳一个婴儿，每次哺乳时间增加30分钟。哺乳时间和在本单位内哺乳往返途中的时间算作劳动时间，公司应当正常支付工资。
未经请假擅自不上班的情况
- 如果女职工没有按照公司规定的请假流程，擅自不来上班，这属于旷工行为。公司可以根据经民主程序制定并公示的规章制度对旷工行为进行处理，这种情况下公司可以不发放旷工期间的工资，甚至有权依据规章制度解除劳动合同。但公司的规章制度必须合法，不得违反法律法规的强制性规定。
特殊保护规定
- 女职工在孕期、产期、哺乳期期间，公司不能随意解除劳动合同。即使合同到期，也应续延至这些特殊时期结束。这是为了保护女职工的合法权益，确保她们在特殊时期得到应有的保护和待遇。
建议与沟通：
- 鉴于怀孕期间不能上班涉及多个法律层面和实际情况，建议女职工与公司人事部门保持良好沟通，明确请假流程和所需材料，以确保自身权益得到保障。
- 如果遇到公司不按规定支付工资或解除劳动合同的情况，女职工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自身合法权益。
总结：怀孕期间不能上班时，公司是否发工资取决于女职工不能上班的具体原因以及是否按照公司规定和法律要求进行了相应处理。女职工应充分了解自己的权益和公司规章制度，确保在特殊时期得到应有的保护和待遇。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。