结论前置：建设工程保证金制度在我国法律体系中有详尽规定，主要包括投标保证金、履约保证金、工程质量保证金及农民工工资保证金等类型，每种保证金均有其特定的法律依据、规定及退还情形。以下是对这些保证金制度的详细解析：

一、投标保证金

1. 法律依据：主要依据《中华人民共和国招标投标法实施条例》。
2. 具体规定：
   • 投标保证金不得超过招标项目估算价的2%。
   • 投标保证金的有效期应与投标有效期一致。
3. 退还情形：
   • 招标人终止招标时，应及时退还投标保证金及银行同期存款利息。
   • 投标人撤回投标文件，且招标人已收取保证金的，应在收到撤回通知后5日内退还。
   • 投标截止后撤销投标文件的，招标人有权不退还保证金。
   • 书面合同签订后，招标人最迟应在5日内向中标人和未中标人退还保证金及利息。

二、履约保证金

1. 法律依据：主要依据《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例。
2. 具体规定：
   • 招标文件要求提交履约保证金的，中标人应按要求提交，金额不得超过中标合同金额的10%。
3. 退还情形：
   • 履约保证金通常在工程验收合格、合同义务完全履行后退还。

三、工程质量保证金

1. 法律依据：主要依据《建设工程质量保证金管理办法》。
2. 具体规定：
   • 发包人应在招标文件中明确保证金预留、返还等内容，并与承包人在合同中约定。
   • 保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的3%。
   • 缺陷责任期一般为1年，最长不超过2年，由发、承包双方在合同中约定。
3. 退还情形：
   • 缺陷责任期内无质量问题，承包人可申请返还保证金。
   • 发包人应在核实后14天内返还保证金，逾期需承担违约责任。

四、农民工工资保证金

1. 法律依据：主要依据《保障农民工工资支付条例》等。
2. 具体规定：
   • 施工总承包单位需按规定存储工资保证金，专项用于支付拖欠的农民工工资。
   • 实行差异化存储办法，可根据单位工资支付情况调整存储比例。
3. 退还情形：
   • 工程完工且无拖欠工资情况，经公示30日后可申请返还。
   • 若发生拖欠，经行政处理决定后仍不履行的，可从保证金中直接支付拖欠工资。

五、禁止性规定与法律责任

除依法设立的上述保证金外，严禁发包方以任何其他名义向承包方收取费用。政府投资项目所需资金应确保落实到位，不得由施工单位垫资建设。违反相关规定者，将依法承担相应的法律责任。

六、实际操作建议

1. 合同明确：在签订合同时，应明确保证金的相关条款，包括保证金类型、金额、预留方式、退还条件及期限等，以避免不必要的纠纷和风险。
2. 合规操作：在实际操作中，应严格遵守相关法律法规，确保保证金的提交、使用及退还均符合规定。
3. 重视农民工工资保证金：对于农民工工资保证金，更应高度重视，确保农民工的合法权益得到有效保障。

建设工程保证金制度是保障工程顺利进行、维护各方权益的重要措施。在实际操作中，应严格遵守相关法律法规，确保保证金的合规使用和管理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。