履约保证金和质量保证金能否一起收取，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律法规层面

1. 一般原则：根据《中华人民共和国民法典》的意思自治原则，合同双方当事人在平等、自愿、公平的基础上协商一致，可以在合同中明确约定同时收取履约保证金和质量保证金，这种约定在一般情况下是合法有效的，对双方均具有法律约束力。

2. 特定规定：然而，对于工程项目，国务院《关于清理规范工程建设领域保证金的通知》以及住建部和财政部联合印发的《建设工程质量保证金管理办法》等文件有特别规定。这些规定指出，在工程项目竣工前，已经缴纳履约保证金的，建设单位不得同时预留工程质量保证金。这意味着，在工程竣工前的特定情境下，履约保证金和质量保证金不能同时收取。

二、保证金性质与功能

1. 履约保证金：

   • 定义：为保证合同一方全面履行合同义务而设立的担保方式，涵盖合同从签订到履行完毕的整个过程。
   • 作用：促使合同双方诚信履约，若一方违反合同主要条款，如无法按时交付货物或未按照约定完成工程进度，另一方有权扣除部分或全部履约保证金作为补偿。

2. 质量保证金：

   • 定义：主要针对合同标的的质量提供担保，确保合同标的物在一定期限内符合约定的质量标准。
   • 作用：在质量保证期内，若发现标的物存在质量问题且交付方未能按约履行维修、更换等义务，接收方可以从质量保证金中扣除相应费用用于维修或弥补损失。

三、实际操作与合同约定

1. 工程竣工前：

   • 根据相关规定，在工程项目竣工前，不能同时收取履约保证金和质量保证金。因此，在这一阶段，合同双方应明确选择一种保证金方式，并在合同中作出相应约定。

2. 工程竣工后：

   • 工程竣工后，双方可以根据合同约定收取质量保证金，以确保工程质量。此时，履约保证金可能已退还或转化为其他形式的担保，而质量保证金则作为工程质量保修期内的保障措施。

3. 合同条款：

   • 无论在任何情况下，合同双方都应在合同中明确约定保证金的金额、退还条件、扣除方式等重要条款，以避免日后产生不必要的纠纷。同时，这些约定必须遵守相关法律法规的规定，确保合同的合法性和有效性。

四、建议与注意事项

1. 合理设定金额：

   • 在设定履约保证金和质量保证金的金额时，应充分考虑项目的规模、风险等因素，确保金额合理，避免过高给一方造成过重负担。

2. 清晰明确条款：

   • 合同中的保证金条款应清晰明确，包括保证金的性质、金额、退还条件、扣除方式等，防止因理解歧义引发纠纷。

3. 遵循公平原则：

   • 在设定保证金条款时，应遵循公平原则，确保双方权益得到平衡保护。避免一方利用优势地位设置不合理的保证金条款。

4. 及时沟通协商：

   • 在合同履行过程中，如遇到保证金相关的问题或争议，双方应及时沟通协商，寻求妥善解决方案。必要时，可以寻求法律帮助或通过诉讼途径解决争议。

总结来说，履约保证金和质量保证金能否一起收取，取决于具体的法律规定和合同约定。在工程竣工前，根据相关规定通常不能同时收取；但在工程竣工后，双方可以根据合同约定收取质量保证金以确保工程质量。在实际操作中，合同双方应严格遵守相关法律法规和合同约定，确保保证金制度的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。