当建设工程施工合同被认定为无效时，工程款的结算确实是一个需要细致处理的问题。以下是我为您详细梳理的工程款结算流程及相关注意事项：

一、基本原则与法律依据

首先，我们要明确的是，尽管合同无效，但根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，如果建设工程经竣工验收合格，承包人仍有权请求参照合同约定支付工程价款。这一原则旨在保障承包人的合法权益，同时确保工程质量的达标。

二、工程质量合格时的结算方式

1. 参照合同约定结算：

   • 即便合同无效，只要工程通过竣工验收，承包人就可以按照合同中的价款支付条款来要求发包人支付工程款。这是对承包人实际投入和建设成果的合理认可。

2. 根据实际履行情况调整：

   • 如果在实际施工过程中，工程发生了变更，如设计调整、材料替换等，导致实际履行与合同约定存在差异，那么工程款也应根据实际情况进行相应调整。

三、工程质量不合格时的结算处理

1. 修复后合格：

   • 如果工程在初次验收时不合格，但经过承包人的修复后通过了验收，那么发包人可以要求承包人承担修复费用，并从应支付的工程款中扣除这部分费用。

2. 修复后仍不合格：

   • 如果工程经过修复后仍然无法通过验收，那么承包人将无权要求支付工程价款，并且可能需要赔偿发包人因此遭受的损失。

四、无约定或约定不明时的结算方法

1. 参照市场价格：

   • 如果合同中没有明确约定工程价款，或者约定不明确，那么可以参照签订合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或标准来进行结算。

2. 鉴定评估：

   • 在无法通过市场价格或合同约定来确定工程款的情况下，可以委托专业的鉴定机构对工程进行评估，以确定合理的工程款数额。

五、处理建议与注意事项

1. 确保工程质量：

   • 无论合同是否有效，工程质量始终是结算的首要依据。因此，在施工过程中，双方都应严格把控工程质量，确保工程符合验收标准。

2. 协商与调解：

   • 在出现纠纷时，双方应首先尝试通过协商和调解来解决争议，这有助于维护双方的合作关系，并降低解决纠纷的成本。

3. 保留证据：

   • 无论是协商还是诉讼，证据都是至关重要的。因此，双方都应妥善保管与工程施工相关的所有文件、记录、照片等证据材料。

4. 了解法律法规：

   • 熟悉相关法律法规和政策规定，有助于双方更好地维护自身权益，并规避法律风险。

5. 诉诸法律途径：

   • 如果双方无法通过协商和调解达成一致意见，那么可以通过法律途径来解决争议，如向人民法院提起诉讼或申请仲裁。

综上所述，建设工程施工合同无效时的工程款结算问题需要综合考虑多方面因素。双方应保持冷静理性，通过协商、调解或法律途径来妥善解决争议，并确保工程款的合理支付。