在刑事案件中，当案件经历两次退侦后，其后续处理流程需依据相关法律法规和程序进行，以下是对此问题的详细解答：

一、法律框架与程序规范

首先，我们要明确的是，根据《刑事诉讼法》的相关规定，补充侦查以二次为限，且每次补充侦查应在一个月以内完成。若案件已历经两次退侦仍无法满足起诉条件，检察机关原则上不得再行退侦，此时需通过其他法定途径解决证据问题。

二、检察机关的应对方案

1. 存疑不起诉决定：

   • 适用情形：经两次退侦后，若案件仍事实不清、证据不足，检察机关可以作出存疑不起诉决定。
   • 法律后果：此决定将终止诉讼程序，若被羁押人存在，则应予以释放。
   • 救济途径：被害人若对存疑不起诉决定不服，可在7日内向上一级检察院申诉。

2. 依法提起公诉：

   • 适用情形：若现有证据已达到“事实清楚，证据确实充分”的标准，即使存在部分瑕疵证据，只要不影响定罪量刑的核心事实，检察机关仍可依法提起公诉。

3. 建议撤案监督：

   • 适用情形：若检察机关发现公安机关在侦查过程中存在违法取证等严重问题，可以向公安机关发出纠正违法通知书，必要时启动立案监督程序。

三、若发现新犯罪的处理流程

若在两次退侦后，发现新的犯罪事实，公安机关应：

1. 及时立案侦查：

   • 按照《公安机关办理刑事案件程序规定》，对新发现的犯罪事实进行立案侦查。
   • 遵循正常的侦查程序，包括取证、调查、讯问等，确保证据的全面、客观和合法。

2. 并案处理与证据整合：

   • 若新发现的犯罪与原有案件存在关联，应考虑并案处理，以便更全面地查明案件事实。
   • 将原犯罪事实和新发现的犯罪事实的证据进行整合，形成完整的证据链。

3. 与检察机关的沟通与协作：

   • 在整个侦查过程中，与检察机关保持密切沟通，及时汇报侦查进展和新发现的情况。
   • 检察机关可对侦查工作提供指导和建议，确保侦查工作的合法性、规范性和有效性。

4. 移送审查起诉：

   • 侦查终结后，制作完整的起诉意见书，详细写明犯罪嫌疑人所涉及的全部犯罪事实、证据及适用的法律条款，一并移送人民检察院审查起诉。

四、法院的协同处置与辩护权的保障

1. 法院的协同处置：

   • 法院在收到检察机关移送的案件后，会进行庭前审查把关，发现证据重大缺陷时，可建议检察机关撤回起诉。
   • 通过庭审实质化审理，验证证据的合法性、关联性，对非法证据依法排除，对瑕疵证据要求补正说明。

2. 辩护权的保障：

   • 犯罪嫌疑人及其辩护人有权申请非法证据排除，在开庭前五日提出书面申请，并提供涉嫌非法取证的线索或材料。
   • 辩护人可以参与补充侦查监督，通过阅卷了解退侦事项及进展，就侦查方向、取证方式提出法律意见。
   • 在证据体系相对完整的情况下，辩护人可以与检察机关就量刑建议进行协商谈判，协商认罪认罚从宽。

五、总结与建议

两次退侦后，案件的处理需严格遵守法律程序和规定。检察机关、公安机关和法院应各司其职，密切协作，确保案件的公正、合法和有效处理。同时，应充分保障犯罪嫌疑人及其辩护人的合法权益，确保诉讼过程的公正性和透明度。若案件涉及新犯罪事实，应按照上述流程进行妥善处理，以维护司法的权威性和公信力。