税务局在特定条件下倒查20年是合法的。具体分析如下：
法律依据：根据《中华人民共和国税收征收管理法》第五十二条的规定，因纳税人、扣缴义务人计算错误等失误，未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以追征税款、滞纳金；有特殊情况的，追征期可以延长到五年。但对偷税、抗税、骗税的，税务机关追征其未缴或者少缴的税款、滞纳金或者所骗取的税款，不受前款规定期限的限制。这意味着，对于偷税、抗税、骗税等严重违法行为，税务机关可以无限期追征，理论上包括倒查20年。
实践操作：在实际操作中，税务机关通常不会随意进行长时间的倒查，而是基于一定的线索或证据，如举报、审计发现等，才会启动对特定纳税人的长时间税务检查。这种检查旨在确保税收法律的严肃性和公平性，防止税收流失。
纳税人权益保护：虽然税务机关有权进行长时间的税务检查，但纳税人也享有相应的权益保护。例如，税务机关在进行税务检查时，必须出示合法的检查证件和检查通知书，告知纳税人检查的范围、内容和方式等。纳税人也有权要求税务机关对其商业秘密和个人隐私予以保密。
合法性与合理性平衡：税务机关在行使倒查权力时，需要平衡合法性与合理性。一方面，要确保税收法律的严格执行，打击税收违法行为；另一方面，也要避免过度干预纳税人的正常经营活动，保护纳税人的合法权益。因此，税务机关在进行长时间税务检查时，通常会遵循一定的程序和规范，确保检查的合法性和合理性。
建议：如果您或您的企业面临税务机关的长时间倒查，建议积极配合税务机关的工作，同时咨询专业律师以了解您的权益和义务，确保您的合法权益得到保护。如果您有任何具体的税务法律问题或疑虑，欢迎直接向我咨询。