当公司申请破产时，员工的赔偿问题是一个重要且需要细致处理的环节。根据《中华人民共和国企业破产法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工的合法权益应得到充分保障，以下是对此问题的详细解答：

一、赔偿依据与标准

1. 经济补偿金：

   • 计算标准：员工在公司的工作年限是计算经济补偿金的关键。每满一年，公司需支付一个月工资作为经济补偿；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，则支付半个月工资。这里的月工资是指员工在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
   • 特殊情况：如果员工的月工资高于当地上年度职工月平均工资的三倍，那么经济补偿的标准将按照该三倍数额来支付，但最高支付年限不超过十二年。

2. 工资支付：

   • 公司应支付员工应得的全部工资，这包括基本工资、奖金、津贴等，计算至企业破产宣告之日。
   • 在破产财产分配中，所欠职工的工资具有优先清偿的地位，确保员工的基本生活需求。

3. 社会保险费用：

   • 公司有义务补缴欠缴的社会保险费用，包括基本养老保险、基本医疗保险等，以保障员工的社会保障权益不受影响。

4. 其他法定补偿：

   • 对于工伤员工，公司应按照工伤相关规定支付一次性工伤医疗补助金和伤残就业补助金等。
   • 如果因公司破产导致员工解除劳动合同，还可能涉及其他法定补偿项目，如未休年假补偿、加班费等。

二、赔偿顺序

根据《中华人民共和国企业破产法》的规定，破产财产的清偿顺序如下：

1. 优先清偿破产费用和共益债务。
2. 其次清偿员工工资、医疗、伤残补助、抚恤费用，以及应划入职工个人账户的社保费用和经济补偿金。
3. 然后清偿除上述以外的社会保险费用和税款。
4. 最后清偿普通破产债权。

三、赔偿流程

1. 员工申报：员工需要关注破产管理人发布的通知，按照要求申报自己的工资、经济补偿等权益。申报时，应提供相关证明材料，如身份证明、劳动合同、工资记录等。
2. 管理人审核：破产管理人将对员工申报的权益进行审核，核实工作年限、工资标准等信息。
3. 公示与异议处理：管理人将审核结果公示，员工如有异议可提出。管理人应进行复查并处理员工的异议。
4. 清偿方案：一旦破产财产分配方案确定并经债权人会议通过及人民法院裁定认可，员工的相关权益将按方案进行清偿。
5. 协商与投诉：在赔偿过程中，员工可以尝试与公司进行协商，或者向当地劳动监察部门投诉以寻求帮助。
6. 仲裁与诉讼：如果协商和投诉无果，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，必要时可提起诉讼以维护自身权益。

四、注意事项

• 公司应及时通知员工破产事宜，并制定员工安置方案，包括工资结算、经济补偿等，以减少破产对员工的影响。
• 员工应了解自身权利，积极参与赔偿流程，必要时寻求法律救济以维护自身权益。

综上所述，当公司申请破产时，员工的赔偿问题应严格依法进行，确保员工的合法权益得到充分保障。员工应了解赔偿依据与标准、赔偿顺序以及赔偿流程，并在必要时寻求法律帮助以维护自身权益。