公司确实可以就员工对公司造成的损失赔偿问题申请劳动仲裁，但需满足一定条件。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、适用情形
- 员工过错：员工在履行劳动合同过程中，因故意或重大过失给公司造成经济损失。例如，员工违规操作导致公司设备损坏，或者因疏忽大意导致公司遭受重大经济损失。
- 协商无果：公司与员工就赔偿问题无法通过协商达成一致。在这种情况下，公司可以考虑通过劳动仲裁来维护自身权益。
二、法律依据
- 《中华人民共和国劳动法》第七十七条：明确规定了用人单位与劳动者发生劳动争议时，可以依法申请调解、仲裁、提起诉讼，也可以协商解决。这为公司申请仲裁提供了法律基础。
- 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条：规定了适用该法的劳动争议范围，包括因履行劳动合同发生的争议，以及因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议。员工造成公司损害涉及的赔偿问题，属于因履行劳动合同发生的争议范畴，因此适用该法。
三、仲裁前准备
在申请仲裁前，公司应做好以下准备工作，以确保仲裁申请的顺利进行：
- 收集证据：包括劳动合同、损害事实的证明材料（如事故报告、设备损坏照片）、公司要求赔偿的通知、与员工沟通赔偿事宜的记录等。这些证据将用于证明员工确实存在过错，并给公司造成了经济损失。
- 撰写仲裁申请书：详细写明双方信息、仲裁请求、事实和理由等内容，并附上相关证据清单。仲裁申请书是公司向劳动争议仲裁委员会提交的重要文件，应确保内容准确、完整。
四、仲裁流程
- 申请：公司向劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请书及相关证据材料。
- 受理：仲裁委员会在收到仲裁申请之日起五日内进行审查，认为符合受理条件的，应当受理并通知申请人；不符合受理条件的，书面通知申请人不予受理并说明理由。
- 审理：仲裁庭在开庭五日前将开庭日期、地点书面通知双方当事人。在审理过程中，双方当事人可以进行举证、质证和辩论。如有正当理由，可在开庭三日前请求延期开庭，由劳动争议仲裁委员会决定是否延期。
- 裁决：仲裁庭应在受理仲裁申请之日起四十五日内结束裁决。案情复杂需要延期的，经劳动争议仲裁委员会主任批准，可延期但延长期限不得超过十五日。逾期未作出仲裁裁决的，当事人可向人民法院提起诉讼。根据审理情况，仲裁庭作出裁决，公司可根据裁决结果要求员工进行赔偿。
五、注意事项
- 时效性：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，公司应在发现员工造成损失后尽快申请仲裁，以免超过时效期间。
- 赔偿范围：公司要求员工赔偿的损失应合理且与员工过错直接相关。例如，因员工违规操作导致的设备损坏维修费用、因员工疏忽大意导致的公司经济损失等。公司不应要求员工承担与其过错无关或过高的赔偿费用。
六、后续处理
如一方对仲裁裁决不服，可在法定期限内向人民法院提起诉讼。但在此之前，公司应确保已充分准备相关证据材料，并按照仲裁流程逐步推进，以确保仲裁申请的顺利进行和最终裁决的有利性。
总结来说，当员工在履行劳动合同过程中因故意或重大过失给公司造成经济损失且拒绝赔偿时，公司有权依据相关法律法规向劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请。在申请仲裁前，公司应做好充分准备，并按照仲裁流程逐步推进。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。