三年合同约定六个月转正，通常是合法的。不过，具体是否合法还需结合劳动合同的具体条款以及相关法律法规来综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、试用期与劳动合同期限的关系
根据《中华人民共和国劳动合同法》第十九条的规定：
- 劳动合同期限三个月以上不满一年的，试用期不得超过一个月；
- 劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月；
- 三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同，试用期不得超过六个月。
因此，对于三年期的劳动合同，约定六个月的试用期是符合法律规定的上限的。
二、转正的条件与程序
- 条件：转正通常意味着员工在试用期内表现良好，符合用人单位的录用标准，且双方愿意继续履行劳动合同。
- 程序：转正的程序一般由用人单位根据内部规章制度和劳动合同的约定来执行。这可能包括试用期考核、填写转正申请表、部门负责人审批等环节。用人单位应确保转正程序的公正性和透明度，避免随意延长试用期或拒绝转正的情况发生。
三、合法性分析
- 合同条款：如果劳动合同中明确约定了试用期为六个月，并且这一约定符合法律规定（即不超过三年期劳动合同试用期的上限），那么该条款是有效的。
- 实际操作：在实际操作中，除了确保试用期长度合法外，用人单位还需注意以下几点，以保障劳动者的权益：
- 不得在试用期内随意解除劳动合同，除非劳动者存在不符合录用条件、严重违反规章制度等法定情形；
- 试用期工资不得低于本单位相同岗位最低档工资或者劳动合同约定工资的百分之八十，并不得低于用人单位所在地的最低工资标准；
- 试用期应包含在劳动合同期限内，且如果劳动合同仅约定试用期的，那么该试用期不成立，整个期限应被视为劳动合同期限。
四、权益保护建议
- 劳动者：在签订劳动合同时，应仔细审查试用期的约定，确保其符合《劳动合同法》的规定。如发现试用期约定不合法或用人单位存在其他违法行为，劳动者有权向当地劳动监察部门投诉举报，以维护自己的合法权益。
- 用人单位：应严格遵守《劳动合同法》关于试用期的规定，确保试用期的长度、工资待遇、解除条件等均符合法律要求。同时，建议用人单位建立完善的试用期管理制度和考核机制，以保障劳动者的权益和用人单位的用工管理秩序。
综上所述，三年合同约定六个月转正通常是合法的，但前提是必须符合《劳动合同法》的其他相关规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。