核心结论：借调超过三年，可能涉及借调合同效力、劳动关系归属、权益保障等多方面问题，需根据具体情况采取不同措施。以下是详细分析：
审查借调合同条款
- 合同期限与续签：首先查看借调合同中关于期限的约定。若合同明确规定了借调期限（如三年），且未约定自动续签条款，那么借调期满后，原则上借调关系应终止。此时，员工应返回原单位工作，或与原单位、借调单位协商新的安排。
- 合同变更与补充：若借调双方希望继续维持借调关系，应及时签订书面变更协议或补充协议，明确新的借调期限、工作内容、薪酬待遇等条款，以避免法律风险。
分析劳动关系归属
- 原单位责任：在借调期间，员工的劳动关系原则上仍归属于原单位。原单位应继续履行用人单位的义务，如支付工资、缴纳社会保险等。若借调超过三年且未签订新的借调协议，原单位仍需承担这些责任。
- 借调单位责任：借调单位在实际使用员工的过程中，也承担一定的管理责任。若因借调单位原因导致员工权益受损（如未支付加班费、未提供劳动保护等），借调单位可能需承担连带责任。
关注员工权益保障
- 薪酬与福利：员工应确保在借调期间获得与原单位或借调单位同岗位员工相当的薪酬和福利待遇。若借调单位未按时支付工资或提供福利，员工有权向原单位或借调单位主张权益。
- 社会保险与公积金：原单位应继续为员工缴纳社会保险和住房公积金。若借调单位实际承担了这些费用，应与原单位明确约定并留存相关证据，以避免后续纠纷。
- 工作条件与劳动保护：借调单位应为员工提供符合国家标准的工作条件和劳动保护措施。若因工作条件恶劣导致员工受伤或患病，借调单位可能需承担赔偿责任。
考虑法律风险与应对措施
- 法律风险：借调超过三年且未签订新的借调协议，可能面临劳动关系认定模糊、权益保障缺失等法律风险。此外，若借调单位或原单位违反相关法律法规（如未签订劳动合同、未缴纳社会保险等），还可能面临行政处罚或民事赔偿。
- 应对措施：为避免法律风险，建议借调双方在借调期满前及时协商并签订新的借调协议或返回原单位工作。若无法达成一致意见，员工可向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，以维护自身合法权益。
行动建议：若您或您所在的单位面临借调超过三年的情况，建议立即审查借调合同条款、分析劳动关系归属、关注员工权益保障，并考虑采取相应的法律措施以避免潜在风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。