单位对内部停车进行罚款，在一般情况下是不合法的。以下是对此问题的详细分析：

一、单位缺乏行政处罚权

罚款是行政处罚的一种形式，而根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关法律规定，只有具有行政处罚权的行政机关以及法律、法规授权的具有管理公共事务职能的组织，才有权实施罚款等行政处罚措施。单位，无论是企业法人还是非法人组织，都不属于行政执法机关，因此它们并不具备对员工或他人进行罚款的权力。

二、特定法律条款的限制

以《中华人民共和国道路交通安全法》为例，该法第九十三条明确规定了对于违反机动车停放规定的处罚主体为公安机关交通管理部门。这意味着，即使是在公共道路上，单位也无权对违规停车的车辆进行罚款。在单位内部，这一原则同样适用，单位没有权力对员工或访客的停车行为进行罚款。

三、合同条款的效力问题

有些单位可能会在内部规章制度或合同中规定停车罚款条款。然而，如果这些条款违反了法律法规的强制性规定，如明显不合理或加重了员工的负担，那么根据《中华人民共和国民法典》等相关法律，这些条款可能会被认定为无效。因此，单位不能通过内部规章制度或合同来赋予自己罚款的权力。

四、合法替代措施与维护秩序

尽管单位不能对停车行为进行罚款，但它们仍然可以采取其他合法措施来维护停车秩序。例如，单位可以制定明确的规章制度，规范员工及访客的车辆停放行为。对于违反规章制度的行为，单位可以采取警告、通报批评、限制车辆进入等非罚款惩戒措施。此外，如果单位明确其停车区域属于有偿租赁使用性质，并且事先已将收费标准等相关事项明确告知停车人，那么单位可以收取一定费用作为租金或管理费，但这并不属于罚款范畴，而是一种民事合同行为。

五、员工权益保障与申诉机制

单位在制定和执行相关规章制度时，应当遵循公平、公正、公开的原则，确保所有员工都能够得到平等对待。同时，单位应当为员工提供申诉渠道，对于因违反规章制度而受到惩戒的员工，单位应当确保其享有申诉和辩解的权利，并建立相应的申诉机制。

六、实际操作建议

如果单位进行了所谓的“停车罚款”，当事人首先应与单位进行沟通，要求其说明罚款依据。如果认为单位的罚款行为侵害了自己的权益，有权拒绝缴纳，并可向劳动监察部门（如果是单位与员工之间的纠纷）或相关管理部门反映情况。必要时，当事人也可以通过法律途径维护自身合法权益，如提起民事诉讼或申请仲裁等。

综上所述，单位对内部停车进行罚款是不合法的。单位应当通过制定和执行合法的规章制度来维护内部停车秩序，并采取合法手段对违规行为进行惩戒，同时注重保障员工的合法权益。