公司一般不能直接推翻自己申请的工伤认定，但在特定情况下可通过合法途径提出异议或申请重新认定。以下是对此问题的详细分析：
一、工伤认定的基本流程与性质
工伤认定由社会保险行政部门依据《工伤保险条例》等法规进行，属于行政确认行为。企业作为用人单位，在员工发生工伤事故后需依法申报工伤。一旦社保部门作出认定结论，该结论即具有法律效力，企业和员工均需遵守。这意味着，工伤认定并非企业单方面可以随意更改或推翻的。
二、公司可能推翻工伤认定的情形及方式
对认定结果有异议时：
- 公司若认为认定结论错误（如事故不符合“工作时间、工作场所、因工作原因”三要素），可在收到认定书之日起60日内向本级政府或上级社保部门申请行政复议，或在6个月内提起行政诉讼。
- 法律依据：《工伤保险条例》第五十五条、《行政复议法》、《行政诉讼法》。
发现新证据或程序违法时：
- 若公司后续掌握能证明非工伤的关键证据（如监控录像显示员工在非工作时间受伤），可据此申请复议或诉讼。
- 若社保部门存在程序违法（如未调查取证即认定），公司也可通过法律途径主张撤销认定。
特殊情况下的重新认定：
- 在部分地区，若公司能提供充分证据证明原认定事实不清或适用法律错误，社保部门可能依职权启动复查程序，但此类情况较为罕见且需严格审核。
三、公司需注意的法律风险
举证责任倒置：
- 根据《工伤保险条例》第十九条，公司若对工伤认定有异议，需提供有效证据；否则社保部门的调查核实将作为主要依据。这意味着，公司在提出异议时，必须承担举证责任，证明原认定结论存在错误。
逾期维权后果：
- 超过法定复议或诉讼时效期间，公司将丧失救济权利，认定结论自动生效。因此，公司必须在规定时间内提出异议，否则将无法再推翻工伤认定。
恶意抗辩的处罚：
- 虚构事实或伪造证据试图推翻认定，可能面临行政处罚甚至刑事责任。公司应诚信维权，避免采取不正当手段。
四、建议措施
及时申报并保留证据：
- 事故发生后，公司应主动配合调查，保存现场记录、证人证言等材料。这些证据在后续提出异议时可能起到关键作用。
专业法律咨询：
- 在提出异议前，公司应委托专业律师分析案件细节，评估胜诉可能性并制定维权策略。律师的专业意见将有助于公司更准确地把握法律风险和维权方向。
合规管理：
- 公司应完善安全生产制度，减少工伤争议发生的概率。通过加强安全管理、提高员工安全意识等措施，降低工伤事故的发生率，从而减少工伤认定的争议。
总结来说，公司不能直接推翻自己申请的工伤认定，但在特定情况下可通过行政复议或行政诉讼等法定程序提出异议。在提出异议时，公司必须准备充分的证据和理由来支持主张，并严格遵守法定程序和时效要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。