结论：公司有债务纠纷的情况下，是可以变更法人的。但这一变更需遵循法定程序，并确保不损害债权人的利益。以下是对此问题的详细分析：
一、法人变更的法律依据与可行性
根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，公司的法定代表人可以依法进行变更。公司作为独立的民事主体，其债务由公司以自身全部财产来承担，而非由法定代表人个人承担。因此，法人代表的变更并不影响公司对债务的承担，公司在有债务纠纷的情况下，仍然可以进行法人变更。
二、法人变更的法律程序
内部决策：根据公司章程的规定，由股东会或董事会作出变更法定代表人的决议。这是法人变更的第一步，确保变更行为符合公司内部治理结构的要求。
准备材料：包括公司营业执照副本原件、新法定代表人身份证明、原法定代表人免职证明及新任命文件等。这些材料是办理变更登记手续所必需的，应确保真实、完整。
提交申请：向工商行政管理部门提交变更申请，并提交相关材料。这是法人变更的法定程序，必须按照规定的流程进行操作。
审核与登记：工商行政管理部门对提交的材料进行审核，审核通过后办理变更登记手续。这一步骤是确保法人变更合法有效的关键环节。
领取新执照：变更登记完成后，领取新的营业执照。这标志着法人变更的完成，公司应以新的法定代表人名义进行后续的经营活动。
三、法人变更对债务纠纷的影响
承担主体不变：公司作为独立的法人主体，以其全部财产对公司的债务承担责任。即使更换了法定代表人，公司的债权债务仍由公司本身承担，不转移至个人或其他实体。因此，法人变更不影响公司债务的承担。
合同义务连续性：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同生效后，当事人不得因姓名、名称的变更或者法定代表人、负责人、承办人的变动而不履行合同义务。因此，法人变更不影响公司之前签订的合同的效力，公司仍需按约履行。
债权人利益保护：在法人变更过程中，公司应确保不损害债权人的利益。尽管法律上公司债务的承担不随法人代表的变更而改变，但债权人可能会对法人变更表示担忧。因此，公司应采取措施以维护债权人的信任关系，如及时通知债权人变更情况、提供必要的财务信息等。
四、法人变更的注意事项
税务与银行账户信息更新：变更法定代表人后，公司应及时到税务机关办理税务登记信息的变更，并通知开户银行更新银行账户信息。这是确保公司正常运营的必要步骤。
债权债务公告：虽然法律没有强制要求，但为了保护债权人的利益，公司可以在变更法定代表人前发布债权债务公告，告知债权人相关信息。这有助于增强公司的透明度，减少潜在的纠纷。
新法人代表的责任：新法人代表在接任后，需对公司的债务负责。这意味着新法人代表需要了解公司的财务状况，并承担起管理公司和偿还债务的责任。如果因新法人代表的不当行为导致公司无法履行债务，新法人代表可能需要承担法律责任。
五、特殊情况的处理
若法人变更涉及公司合并或分立，则依据法律规定，合并后的法人或分立后的法人将享有和承担原法人的权利和义务。对于合并，权利和义务由合并后的法人承担；对于分立，除债权人和债务人另有约定外，权利和义务由分立后的法人连带享有和承担。在这种情况下，公司应特别注意债权债务的承接问题，确保不损害债权人的利益。
综上所述，公司在有债务纠纷的情况下，完全可以进行法人变更。但变更过程需遵循法定程序，并确保通知相关债权人、债务人。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。